Med slovensko osamosvojitveno vojno ni sodeloval v bojih, saj ga Teritorialna obramba Republike Slovenije ni mogla uporabiti zaradi izobrazbe (pilot nadzvočnih letal).[3] Istega leta (1991) pa je bil vpoklican v TO RS in bil postavljen na položaj načelnika Odseka za letalstvo v Republiškem štabu TO RS, kar je bil vse do leta 1995. Na začetku mandata TO RS ni imela niti enega bojnega letala, tako je bil v tem opravljen nakup Pilatusov PC-9[3]; v tem času je postal tudi mednarodni inšpektor za nadzor oborožitve v okviru OVSE.[4]
Po koncu aktivne vojaške službe je bil državni sekretar na MORS v času šeste vlade (1. marec–31. avgust 2001). V tem času je bil tudi član vladne delovne skupine, ki je priporočila nakup letala Falcon.[7][8]
Nato je bil ministrski svetnik za obrambo v Uradu predsednika vlade Republike Slovenije (2001–02), nakar je 1. junija 2002 prevzel položaj direktorja Slovenske obveščevalno-varnostne agencije.[9] Na lastno prošnjo ga je vlada 22. septembra 2006 razrešila s položaja direktorja Sove.[10]). Leta 2007 je takratni predsednik Vlade Republike SlovenijeTone Rop razkril, da je leta 2004 Sova prisluškovala pogovorom tedanje vodje opozicije Janeza Janše s hrvaškim premierom Ivom Sanadarjem.[11] Podbregar je glede tega izjavil, da je v času njegovega mandata Sova delovala zakonito.[12] Istega leta (2007) je bilo razkrito, da je Sova iz črnega fonda leta 2005 plačala potne stroške za indijskega alternativnega zdravilca Sardeshmukha Sadananda, ki je prišel v Sloveniji zdravit takratnega predsednika SlovenijeJaneza Drnovška[13] in da je Sova financirala 10,9 milijona SIT zasebnemu podjetju, ki ga je ustanovil Bojan Bratuša; slednjega je Sova odpustila s položaja vodje oddelka za spremljanje telefonske komunikacije (oddelek za prisluškovanje telefonskim pogovorom), ko so ugotovili, da ima ponarejeno diplomo.[14][15] Aprila 2010 pa je Državni zbor Republike Slovenije ugotovil, da je »ozka skupina znotraj Sove vzpostavila vzporeden sistem delovanja mimo veljavnih pravil in predpisov, ki je svoj vrhunec doživel v času dr. Iztoka Podbregarja, ko je Sova v enem delu delovala kot politična policija (nezakonito posredovanje tajnih informacij, nezakonita izplačila, tajno sledenje komunikacij mimo zakona ...)«.[16]
V nadaljevanju kariere je bil nacionalni koordinator za boj proti terorizmu (2004–2006) in svetovalec predsednika Republike Slovenije za nacionalno varnost (2006).[4]
Študente je treba razumeti. Treba se jim je prilagoditi. Približati tako, da je znanje praktično. Nekateri profesorji se držijo vrtičkov, starih modelov, ki so neuporabni. Ljudem je treba dati, kar bodo v življenju potrebovali. Mora obstajati jasna povezava z realnostjo.[18]
V letu 2012 je tri mesece vodil LDS, nato pa je odstopil iz osebnih razlogov.[23]
Od avgusta 2013 je član uprave Aerodroma Ljubljana. Ta infrastrukturna družba je bila zelo zgodaj privatizirana, vodilna mesta v njej pa so vedno zasedali bivši vplivni člani varnostnih in obveščevalnih služb, na primer Vinko Može in Zmago Skobir.
zlati red za zasluge Republike Slovenije: november 2006; »za izjemne zasluge pri razvoju vojaške obrambe države in Slovenske vojske ter uveljavljanju obveščevalnovarnostnega sistema države na področju preprečevanja nadnacionalnih groženj v Republiki Sloveniji in v okviru mednarodnih varnostnih povezav, na vojaškem oziroma varnostnem področju«[27]
redni profesor za predmetno področje »vodenje in upravljanje varnostnih organizacij«: 25. januar 2011[29]
Leta 2007 je bil najboljše ocenjen visokošolski predavatelj (med 1224 predavatelji) v Sloveniji.[30]
Bibliografija
Znanstvene monografije
Vohunska dejavnost in gospodarstvo (Ljubljana, 2008) (COBISS)
soavtor: Gibalne sposobnosti in psihološke značilnosti slovenskih vojaških pilotov (Ljubljana, 2008) (COBISS)
soavtor: Preprečevanje pranja denarja in financiranja terorizma pri trgovanju s plemenitimi kovinami in dragimi kamni (Ljubljana, 2010) (COBISS)
Obveščevalno-varnostna dejavnost: procesi, metode, nadzor (Ljubljana, 2012) (COBISS)
Učbeniki
soavtor: Terorizem in jedrska, radiološka, kemična ter biološka obramba (Ljubljana, 2008) (COBISS)
soavtor: Disperzijski modeli v gosto naseljenih urbanih okoljih v primeru jedrskega, radiološkega, kemičnega in biološkega dogodka (Ljubljana, 2009) (COBISS)
soavtor: Pandemija : upravljanje in obvladovanje omejitve gibanja (Ljubljana, 2009) (COBISS)
soavtor: Informacije kot "bojna" podpora kriznemu odločanju, krizni komunikaciji in delovanju (Ljubljana, 2010) (COBISS)
