Súčasná vlajka vznikla po vyriešení sporu s Gréckom. Na vlajke sa nachádza žlté Slnko na červenom pozadí s ôsmimi vybiehajúcimi lúčmi až po okraj. Je to symbol podľa macedónskej hymny „Dnes nad Macedónskom“.
Predchádzajúca vlajka
Predchádzajúca vlajka existovala v rokoch 1992 – 1995. Na nej bolo Vergínske Slnko (symbol dávnej Macedónie) na červenom pozadí. To sa nepáčilo susednému Grécku, ktorého provincia Macedónia používa rovnakú vlajku, len s modrým pozadím. Po blokácii hraníc boli Macedónci nútení vlajku zmeniť, a tak Slnko zmenili.