V mladých bunkách a bunkách pracujúcich delivých pletív sa vyskytuje väčšie množstvo malých vakuol, ktoré počas diferenciácie rastú a splývajú. V zrelých bunkách potom už spravidla existuje jediná veľká vakuola, ktorá môže zaplniť viac ako 90 % ich objemu. Rastlinná vakuola predstavuje zásobáreň vody a rôznych ďalších organických aj anorganických látok (cukry, bielkoviny, aminokyseliny, organické kyseliny, alkaloidy, triesloviny, farbivá) a také miesto, kde dochádza vo väčšej miere k bunkovému tráveniu (nahrádza neprítomné lyzozómy). Tekutý obsah vakuoly sa nazýva bunková šťava. V niektorých prípadoch v nej môžu nahromadené látky vykryštalizovať (tzv. inklúzia).
Vakuoly živočíchov
Väčšie množstvo drobných vakuol možno nájsť aj v živočíšnych bunkách – napr. v bunkách chrbtice.
Vakuoly protistov
U protistov sa tiež vyskytujú vakuoly, treba však dodať, že spravidla veľmi modifikované. Najznámejšími modifikáciami sú pulzujúce vakuoly a potravné vakuoly.
Pulzujúce vakuoly sú prítomné v sladkovodných protistoch a ich úlohou je zhromažďovať a vypudzovať vodu naspäť do hypotonického prostredia, čo zabraňuje riedeniu bunky a znižuje osmotický tlak.
Potravné vakuoly: Slúžia na trávenie potravy. Na rozdiel od vakuol rastlín vznikajú a zanikajú.
