Mužská dvojhra na Open 13 1999 sa hrala ako súčasť Open 13 1999 od 1. do 8. februára 1999. Titul získal Francúz Fabrice Santoro, ktorý vo finále porazil Francúz Clémenta 6-3 4-6 6-4. Bol to jeho druhý titul v dvojhre na okruhu ATP.