Mužská dvojhra na Heineken Open 2009 sa hrala ako súčasť Heineken Open 2009 od 11. januára do 17. januára. Titul získal najvyššie nasadený Juan Martín del Potro, ktorý vo finále porazil Sama Querreyho 6:4, 6:4. Bol to jeho piaty titul na okruhu ATP.