Extraliga hádzanárok v sezóne 1999/00 bol 7. ročník najvyššej hádzanárskej súťaže žien, spravovanej Slovenským zväzom hádzanej. Svoj piaty titul získalo po ročnej prestávke opäť družstvo HK Slovan Duslo Šaľa.[1]
Systém súťaže sa oproti minulej sezóne pozmenil. Najprv sa hrala základná časť, ktorá pozostávala zo 14 kôl, a v ktorej sa každý s každým stretol raz doma a raz vonku. Po základnej časti nasledovala nadstavbová časť, v ktorej sa družstvá rozdelili do dvoch skupín, do skupiny o 1. až 6. miesto a posledné 2 celky základnej časti do prelínacej súťaže. Nadstavbová časť o prvú šesticu pozostávala z 10 kôl, v ktorej sa každý s každým doma a vonku stretol raz. Umiestnenie v tejto časti rozhodlo o najlepšej štvorici družstiev, ktoré vytvorili semifinálové dvojice play-off. Po nich nasledovali zápasy o 3. miesto a finále, ktoré určilo majstra. Družstvá na 5. až 6. mieste odohrali zápasy play-off o 5. miesto. Prelínacia súťaž, ktorú tvorili posledné 2 družstvá základnej časti a 4 najlepšie družstvá 1. ligy, pozostávala z 10 kôl (nakoľko družstvo Košíc súťaž nedokončilo, tak len z 8 kôl). Družstvá sa v nej stretli každý s každým doma a vonku raz a výsledným umiestnením určili dvoch zástupcov, ktorí mohli štartovať v extralige aj v nasledujúcej sezóne.
Pozn.: Košice odohrali iba 1. kolo (proti Žiline) a na ďalší zápas kvôli finančným problémom už nenastúpili.[2][3]