1. hokejová liga SR 1998/1999 bola šiestou sezónou 1. hokejovej ligy SR. Súťaž mala 11 účastníkov nakoľko sa HK 31 Setra Kežmarok pred súťažou odhlásil z 1. hokejovej ligy SR. Prvé dve mužstvá postúpili do baráže o extraligu. Družstvá od 3.-11.miesta hrali o umiestnenie. Do extraligy nepostúpil nikto. Naopak do 1.ligy zostúpili 4 družstvá ŠK Iskra Banská Bystrica , HC Martimex ZŤS Martin , MHC Nitra , HK VTJ Farmakol Prešov. Vypadol už spomínaný HK 31 Setra Kežmarok, ku ktorému sa pridali HK VTJ Vagónka-AŽD Trebišov, HK VTJ Piešťany a odstupujúce družstvo ŠHK Danubia 96 Bratislava, ktoré sa tak rozhodlo po skončení súťaže.
HK 31 Setra Kežmarok sa pred začiatkom súťaže odhlásil.Stal sa tak prvým zostupujúcim.