Glazbu je učio kod J. K. Wisnera Morgensterna. Prve poticaje za skladanje daje mu amaterski pjevač A. Štriga, pristaša ilirskog pokreta koji je 1841. godine osnovao prvo ilirsko pjevačko društvo i pridobio Lisinskog za dirigenta. Iste godine sklada svoje prvo djelo - solo pjesmu Iz Zagorja od prastara na tekst Pavla Štoosa (kasnije zamijenjen novim tekstom Dimitrija DemetraProsto zrakom ptica leti). U to vrijeme mijenja svoje obiteljsko ime Ignac Fuchs u Vatroslav Lisinski. U razdoblju od 1842. do 1847. godine zaposlen je kao bilježnik banskog stola i tada stvara više zborova, solo-pjesama, nekoliko klavirskih kompozicija (Slavonsko kolo) te prvu hrvatsku operu Ljubav i zloba. Libreto ove opere prema zamisli A. Štrige napisao je Josip Car, a zatim preradio Dimitrije Demeter dok je instrumentalizaciju dotjerao Wisner-Morgenstern. Praizvedba opere, 28. ožujka1846. godine, protekla je u znaku slavlja ilirskih ideja i taj datum označen je kao povijesno važan u stvaranju hrvatskog umjetničkog izražaja. U ljeto 1847. godine Lisinski sa Štrigom, Livadićem i dr. kreće na koncertnu turneju po Srbiji i Vojvodini izvodeći ilirske i srpske skladbe. Iste godine na jesen odlazi na usavršavanje u Prag gdje studira kod K. Pitscha i B. Kittla. Za boravka u Pragu sklada orekstralnu idilu Večer (1850.), niz uvertira (najuspjelija je revolucionarna Bellona iz 1849.) i najveći dio opere Porin (libreto je za ovo djelo napisao Dimitrije Demeter) koju je dovršio 1851. godine po povratku u Zagreb. Praizvedbu ove opere Lisinski nikada nije doživio.
Vrativši se u domovinu u doba Bachova apsolutizma proživljava svoje posljednje godine kreativno sputan materijalnom bijedom. U periodu od 1851. do 1853. godine bio je besplatni nadzornik školskih učionica Glazbenog zavoda, a nakon što je otpušten iz te službe prihvaća mjesto sudbenog auskultanta. Razočaran, osamljen i gotovo posve zaboravljen sklada malo. Njegovo posljednje djelo Opijelo nije sačuvano. Vatroslav Lisinki bio je najdarovitiji među skaldateljima Ilirskog pokreta i prvi hrvatski profesionalni glazbenik koji je ujedno postavio temelje nacionalnom smjeru u Hrvatskoj, a posebice operi, solo-pjesmi, orkestralnoj i zborskoj glazbi. Iako nije analitički proučavao izvornu narodnu glazbu uspio se više od ostalih suvremenika približiti ideji Iliraca - stvaranju umjetničke glazbe zasnovane na narodnoj. Lisinski u biti romantički lirik svoje je najbolje dao u 70-ak solo pjesama, melodijski inventivnih, formalno raznolikih, a po ugođaju pretežito elegičkih.