Protein je reč koja potiče iz grčkog jezika u kome ima značenje prvi, zauzimam prvo mesto. U prirodnim naukama označava najširu klasu bioloških makromolekula koji su uključeni u praktično sve biološke pojave.[1]
Proteini su linearni polimeri izgrađeni od 20 različitih L-α amino kiselina. Sve amino kiseline dele zajedničke strukturne karakteristike uključujući α-ugljenik za koji su amino grupa, COO- grupa i bočni lanac vezani. Samo se prolin razlikuje u bočnoj strukturi jer sadrži neuobičajen prsten na N-kraju amino grupe koji drži CO-NH polovinu u fiksnoj konformaciji.[5] Bočni lanac amino kiselina, čiji su detalji dati u listu standardnih amino kiselina, imaju različite hemijske karakteristike koje reprodukuju 3D strukturu. Amino kiseline u polipeptidnom lancu su povezane peptidnim vezama. Peptidna veza je sačinjena od COO- i [NH3] + grupe. Peptidna veza je osnova peptidnog lanca. Formiranje peptidne veze rezultuje otpuštanjem H2O. NCC ponovljeni niz je “kičma” peptida dok sa strane stoje bočni lanci (R). Označavanje linearnog reda amino kiselinskih ostataka ide od N-terminusa ka C-terminusu. Delimično dvogubi karakter peptidne veze uzrokuje da lanac ima samo dva stepena slobode po amino kiselinama, tako da se kiseonik iz karbonilne grupe i amidnivodonik nalaze u istoj ravni kao i peptidna veza i jedino je moguća rotacija oko CO-Cα i N-Cα. Kiseonik iz karbonilne grupe i vodonik iz amidne grupe se zbog sternih interakcija nalaze u trans položaju koji je energetski najpovoljniji (trans je u odnosu na cis stabilniji za 8 KJ/mol). Kraj proteina sa slobodnom COO- grupom je označen kao C-terminus, a kraj [NH3] + kao N-terminus.
Sinteza
Proteini su sklopljeni od amino kiselina čiji je raspored zapisan u genima. Svaki protein ima jedinstvenu amino kiselinsku sekvencu koja je određena sekvencom nukleotida u genu, a nju određuje protein. Genetički kod je set tri nukleotida koji se zovu kodoni. Sve tri nukleotidne kombinacije su svojstvene za jednu aminokiselinu, npr. AUG je kombinacija za metionin. DNK sadrži četiri različita nukleotida, što znači da je broj mogućih kombinacija kodona 64. Geni sadržani u DNK se prvo transkribuju u informacionu RNK preko (iRNK) pošiljaoca, kao što je RNK-polimeraza. Nakon toga ide u ribozome. U prokariotima iRNK može da se koristi kao sama ili da se veže za ribozome koji je odnose iz nukleotida. Eukarioti prave iRNK u ćelijskom jedru i onda se premeštaju kroz membranu jedra u citoplazmu gde dolazi do sinteze proteina.[6] Proces sinteze proteina pomoću iRNK se zove translacija. iRNK se ubacuje u ribozome i pronalazi tri nukleotida koji joj odgovaraju. Enzimi aminoacil-tRNK sintetaza puni tRNK sa odgovarajućim amino kiselinama. Proteini se uvek sintetišu od N-terminusa do C-terminusa.[7][8]
Proteini nastaju formiranjem lanaca u čiji sastav ulazi 20 aminokiselina koje se nazivaju proteinogenične ili standardneaminokiseline. Proteini su veliki molekuli čija masa može dostići i vrednosti od nekoliko miliona daltona a struktura može obuhvatiti i neproteinske molekule. U tom smislu razlikujemo proteine sastavljene od aminokiselina i tzv. heteroproteine sastavljene od čisto proteinskog dela koji se naziva apoprotein i prostetične grupe:
Kvaternarna struktura je prostorni raspored polipeptida u proteinima koji imaju više podjedinica.[12] Prostorni raspored podjedinica u okviru proteina predstavlja njegovu kvaternarnu strukturu. Neki autori govore i o kvintarnoj stukturi u slučajevima kada polipeptidi prave komplekse sa drugim tipovima biomolekula (npr. sa RNK u ribozomima).[13] Najčešće su kombinacije proteina i RNK ili DNK. Malo se zna o tim tipovima veze.
Kvarternu strukturu proteina srećemo, na primer, kod hemoglobina.
Membranski proteini se dele na integralne i periferne. Integralni su čvrsto ugrađeni u membranu za koju su vezani hidrofobnim vezama. Periferni se lako odvajaju od membrane, za koju su najčešće vezani preko integralnih proteina, elektrostatičkim interakcijama i vodoničnim vezama. Deo strukture membranskih proteina koji je u direktnom kontaktu sa membranom, uređen je suprotno delu u vodenom rastvoru. Hidrofobne bočne grupe i strukture su okrenute prema spolja, dok je jezgro relativno polarno.[14]Membranski proteini nisu fiksirani već im je dozvoljeno transverzalno kretanje, a nekim i flip-flop. Nisu raspoređeni uniformno u membrani, već postoje delovi membrane sa više ili manje nekog proteina. Proteini koji grade jonske kanale ili akvaporini su posebno interesantni, jer deo koji prolazi kroz membranu mora da bude nepolaran ka lipidima, a polaran ili čak naelektrisan ka unutrašnjosti kanala.
Funkcija
Proteini u zavisnosti od svoje građe, provode čitav niz različitih aktivnosti unutar organizma. Prvi i osnovni zadatak proteina je njihova neophodnost u procesu rasta i razvoja. Za bilo koji deo našeg tela koji prolazi kroz proces rasta ili regeneracije proteini su neophodni u svakodnevnici. U zavisnosti od pola i godina unos proteina treba korigovati. Proteini učestvuju praktično u svim procesima u jednom organizmu. Proteini su biomolekuli sa najraznovrsnijimfunkcijama:
Neki proteini kao što je insulin, su ekstracelularni proteini koji prenose signal iz ćelije u kojoj su se sintetisali do drugih ćelija.
Alosterna regulacija podrazumeva zavisnost vezivanja jednog liganda (molekul koga protein vezuje za sebe, da bi ga transportovao, hemijski obradio i sl) od vezivanja drugog liganda, koji se označava kao modulator. Ako se radi o istim ligandima (istim molekulima) – homotropni efekat, a ako su različiti – heterotropni. Efekti mogu biti pozitivni i negativni, u zavisnosti da li modulator povećava ili smanjuje afinitet proteina za sledeći ligand.
Antitela su proteini koji čuvaju imunološki sistem čoveka, tako što se bore protiv ćelija koje žele da ga razore.
Mnogi ligandni proteini su vezani za male biomolekule i transportovanje njih do neke druge lokacije u telu vrši se tako što ti proteini moraju imati veliki afinitet vezivanja kada su njihovi ligandi prisutni u velikim koncentracijama u meti-tkivu. Primer ligandno-vezujućih proteina je hemoglobin koji transportuje kiseonik svuda po organizmu.
Metode za određivanje strukture proteina
Kombinacija X-kristalografije, NMR-a, kompjuterskih simulacija i proračuna je dobitna kombinacija u najaktuelnijoj disciplini savremene biofizike tj. određivanja strukture proteina. Poznatije metode za određivanje funkconisanja proteina su:
X-kristalografija je dala prvi direktan uvid u strukturu proteina; i danas je nezamenjiva. Problem je u tome što kristalizovan protein nije isto što i protein u rastvoru i dobijena struktura je prosečna struktura proteina. Ne daje podatke o mobilnost i fleksibilnosti proteina. Te podatke dobijamo NMR-om. Kombinacija X kristalografije, NMR-a i mnogo sati kompjuterskih simulacija i proračuna je dobitna kombinacija u najaktuelnijoj disciplini savremene biofizike – određivanju strukture/funkcionisanja proteina.[19][20]
Proteini se nalaze u raznim vrstama prehrambenih namirnica. Može se gotovo reći da su u većim ili manjim količinama zastupljeni u svoj hrani osim u rafiniranim šećerima i mastima. Hrana životinjskog porekla poput mesa, riba, jaja, mleka, jogurta i sira dobar je izvor proteina u kvalitativnom i kvantitativnom smislu. Sadrže veliku količinu proteina, ali su i izvor svih esencijalnih aminokiselina. Mnogi mikroorganizmi i biljke mogu da biosintetišu svih 20 aminokiselina, dok životinje i čovek moraju da se podvrgnu određenoj vrsti dijete tj. ishrani[21]. Mnogi enzimi koji imaju glavnu funkciju u ljudskom organizmu nisu stalno prisutni i moraju se unositi.
Količina proteina koju osoba treba dnevno unositi je sporna tema koju stručnjaci neprestano istražuju. Opća medicinska preporuka u konzumiranju proteina dnevno je u rasponu od 1-1.2 grama po kilogramu ukupne tjelesne težine za starije osobe i 1.2-1.5 grama po kilogramu ukupne tjelesne težine za aktivne osobe.[22]
↑Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipurksy SL, Darnell J. (2004). Molecular Cell Biology (5 izd.). New York, NY.: WH Freeman and Company. Arhivirano iz originala na datum 2011-07-17. Pristupljeno 2014-03-31.
Branden C, Tooze J (1999). Introduction to Protein Structure. New York: Garland Pub. ISBN0-8153-2305-0.
Murray RF, Harper HW, Granner DK, Mayes PA, Rodwell VW (2006). Harper's Illustrated Biochemistry. New York: Lange Medical Books/McGraw-Hill. ISBN0-07-146197-3.
Van Holde KE, Mathews CK (1996). Biochemistry. Menlo Park, California: Benjamin/Cummings Pub. Co., Inc. ISBN0-8053-3931-0.
Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipurksy SL, Darnell J. (2004). Molecular Cell Biology (5 izd.). New York, NY.: WH Freeman and Company. Arhivirano iz originala na datum 2011-07-17. Pristupljeno 2014-03-31.
Comparative Toxicogenomics Database curates protein–chemical interactions, as well as gene/protein–disease relationships and chemical-disease relationships.