Deschanel se pokazao kao izvanredan govornik, a njegovi se govori u Marseilleu, Carmauxu i Roubaixu smatraju konačnim trijumfom jasnog i elokventnog izlaganja ideje progresivnog republikanizma.
Aktivna politika
U lipnju 1898. izabran je za predsjednika Zastupničkog doma. Sljedeće godine primljen je u Académie française zbog svog spisateljskog rada, posebice djela La Question sociale (1898.), Orateurs et hommes d’état (1888.), Essai de philosophie politique (1899.) i Gambetta (1920.). Godine 1901. ponovo je izabran za predsjednika Zastupničkog doma te se ženi za Germaine Brice de Viel, s kojom će imati troje djece - kći Renée-Antoinette (1902–1977) te sinove Jeana (1904–1963, također političar) i Louisa-Paula (1909–1939). Iako je 1902. godine zamijenjen na mjestu predsjednika Zastupničkog doma, snašao se briljantno te se tokom 1904. i 1905. godine istaknuo kao jedan od pobornika Zakona o odvajanju crkve i države. Na mjesto predsjednička Zastupničkog doma vraća se 1912. godine i tu ostaje sve do izbora za predsjednika 1920. godine.
Predsjednik republike
Paul Deschanel je ušao u povijest kao predsjednik s drugim najkraćim mandatom u povijesti Francuske i kao jedini francuski predsjednik za čijeg mandata nije izvršena nijedna smrtna kazna.
Deschanel je već neko vrijeme izražavao želju da se kandidira za predsjednika republike, što je konačno učinio 1920. godine. Prošavši preliminarno glasovanje, suočio se sa Charlesom Jonnartom i favoriziranim Georgesom Clemenceauom. Deschanel je osvojio 734 glasa, što je bilo gotovo sedam puta više nego Jonnart i Clemenceau zajedno. Pretpostavlja se kako je Deschanelova iznenađujuća pobjeda bila posljedica zakulisnih igara Aristidea Brianda, koji je prezirao Clemenceaua.
Incidenti
Deschanel je želio ojačati ulogu predsjednika, koja je tokom Treće Republike uvelike ograničena, u svakodnevnom političkom životu. Iako ambiciozan plan, Deschanel ga nikada nije proveo u djelo zbog vlastite psihičke bolesti koja je drastično skratila njegov mandat. Prve znakove poremećaja pokazao je već 23. svibnja1920. godije u incidentu koji je u mnogome obilježiti njegov predsjednički mandat. Naime, vozeći se vlakom za Montbrison, navedenog dana, Deschanel je oko 23:15, spavajući u svom vagonu, dobio napadaj gušenja i slučajno ispao kroz prozor svoga vagona. Krvav i pomalo zbunjen, iako je priroda njegovih ozljeda bila benigna, noseći samo svoju pidžamu, Deschanel je sreo Andréa Radeaua, željezničara koji nadgledao radove koji su se tada vršili na tom području. Deschanel se predstavio kao predsjednik, ali kako fotografije političara u to doba nisu bile raširene među pukom, Radeau ga je skeptično tretirao kao pijanca koji je ispao iz vlaka, no ipak ga je odveo u kuću Gustavea Dariota, čuvara, i njegove supruge. Vijest o predsjednikovom incidentu ubrzo se proširila tako da nije izbio došlo do velikog skandala kada je Théodore Steeg, ministar unutarnjih poslova, sljedećega jutra stajao sam na peronu.
Iz suvremene perspektive, izgleda kako je Deschanelova nesreća bila posljedica posebnog oblika sonambulizma uzrokovanog serijom faktora (hipnotički, toplina u vagonu), ali i posebnog načina otvaranja prozora u vagonu. Izgleda da je Deschanel imao epizodu Elpenorovog sindroma uzrokovanog uzimanjem analgetika za spavanje, što je pri naglom buđenju dovelo do polusvjesne epizode koja je rezultirala incidentom. Uz ovo, Deschanel je tokom mandata pokazivao simptome depresije i anksioznosti.
Incident u vlaku nije bio jedini. Prije istoga, Deschanel je primio skupinu osnovnoškolki koje su mu poklonile buket cvijeća, na što je on reagirao tako da je uzimao cvijet po cvijet i bacao ih na djevojčice. Isto tako, jednom je prilikom, u svom uredu, ugostio britanskog ambasadora noseći samo ceremonijalne dekoracije. Jedan kasniji incident zbio se kada Deschanel izjurio s jednog državnog sastanka i, potpuno odjeven, otišao u jezero u Elizejskom parku i plivao s patkama. U to su doba kružile priče kako se na službenim dokumentima potpisivao kao Napoleon ili Vercingetoriks, odnosno da je svoju ostavku potpisao imenom svoje supruge, no te priče nikada nisu službeno potvrđene i postoji velika vjerojatnost da se radi o zlobnim tračevima koji su u to doba bili prilično česti. Ovome u prilog ide činjenica da su svi službeni dokumenti podložni kontroli i arhirivanju, a takvi maštoviti potpisi nisu pronađeni.
Zanimljivo je spomenuti kako je Deschanel jedini predsjednik u povijesti Francuske za čijeg mandata nije izvršena nijedna smrtna kazna. Sam Deschanel je bio glasan protivnik smrtne kazne.
Ostavka i sanatorij
Iako je Deschanel već nakon incidenta u vlaku ponudio svoj mandat, premijer Millerand ga je uvjerio da ostane. Ipak, nakon ponovljenih incidenata, Deschanel je 21. rujna1920. godine definitivno podnio ostavku. Millerand je tako postao vršitelj dužnosti predsjednika, a nedugo zatim je izabran i za puni mandat. Nakon ostavke, Deschanel je primljen u sanatorij u Rueilu, odakle je pušten nakon samo tri mjeseca zbog rapidnog poboljšanja. Postao je član Akademije moralnih i političkih nauka te je razmišljao o povratku u politiku.
Povratak u politiku i smrt
U siječnju 1921., tijesno je izabran u Senat. Godinu dana kasnije, postao je predsjednik Odbora za vanjske poslove, zamijenivši Raymonda Poincaréa. U tom je trenutku Deschanel bio potpuno lucidan čovjek spreman za novi početak. Ipak, zdravlje je njegovu "drugu" karijeru drastično skratilo. Nakon operacije pluća dobio je pleurziju, koja ga je spriječila u držanju govora i, u konačnici, dovela do njegove smrti 28. travnja1922. godine u Parizu.
