Papa Filotej od Aleksandrije (? - 1003) bio je koptski papa Aleksandrije i patrijarh Stolice sv. Marka koji je stolovao od 979. do 1003.
Za vrijeme njegovog stolovanje je okončan sukob Koptske crkve sa kraljevima Etiopije, započet u doba papinstva Kozme III. Tome su doprinijeli diplomatski napori Georgiosa II od Makurije. Zahvaljujući njemu je Filotej postavio novog abunu ili metropolitanskog biskupa po imenu Danijel, koga je Etiopska pravoslavna crkva dobila nakon višegodišnjeg interregnuma.[1]
Marko I • Anijan • Avilije • Kedron • Primus • Justus • Eumen • Markijanos • Keladion • Agripin • Julijan • Demetrije I • Herakla • Dionizije • Maksim • Teonas • Petar I • Ahila • Aleksandar I • Atanazije I • Petar II • Timotije I • Teofil I • Kiril I • Dioskor I • Timotije II • Petar III • Atanazije II • Jovan I • Jovan II • Dioskor II • Timotije III • Teodosije I • Petar IV • Damjan • Anastazije • Andronik • Benjamin I • Agaton • Jovan III • Isaak • Simeon I • Aleksandar II • Kozma I • Teodosije II • Mihailo I • Mina I • Jovan IV • Marko II • Jakov • Simeon II • Josif I • Mihailo II • Kozma II • Šenuda I • Mihailo III • Gabrijel I • Kozma III • Makarije I • Teofil II • Mina II • Abraham • Filotej • Zaharija • Šenuda II • Hristodol • Kiril II • Mihailo IV • Makarije II • Gabrijel II • Mihailo V • Jovan V • Marko III • Jovan VI • Kiril III • Atanazije III • Jovan VII • Gabrijel III • Jovan VII • Teodosije III • Jovan VIII • Jovan IX • Benjamin II • Petar V • Marko IV • Jovan X • Gabrijel IV • Matija I • Gabrijel V • Jovan XI • Matija II • Gabrijel VI • Mihailo VI • Jovan XII • Jovan XIII • Gabrijel VII • Jovan XIV • Gabrijel VIII • Marko V • Jovan XV • Matija III • Marko VI • Matija IV • Jovan XVI • Petar VI • Jovan XVII • Marko VII • Jovan XVIII • Marko VIII • Petar VII • Kiril IV • Demetrije II • Kiril V • Jovan XIX • Makarije III • Josif II • Kiril VI • Šenuda III • Teodor II (trenutni)