Nakon njemačke okupacije Čehoslovačke u drugom svjetskom ratu, pridružio se skrivenom pokretu otpora Obrana naroda. Juna 1939. pobjegao je u Poljsku, u Krakov, ali je tamo pao pod sovjetsko zarobljeništvo nakon sovjetske invazije Poljske. Ipak, izbjegnuo je smaknuće. Nakon njemačke invazije SSSR-a, Svoboda je postao komandant 1. korpusa Čehoslovačke na istočnom bojištu. Prvi put je ušao u izravan okršaj sa njemačkom vojskom u bitci za Sokolovo 1943. Njegova jedinica je prvi put stupila na teritorij Čehoslovačke 1944. Nakon rata, postao je ministar obrane te dobio priznanja i nagrade kao ratni heroj. Formalno je stupio u članstvo komunističke partije Čehoslovačke. 1950-ih, postao je žrtva čistki, ali je taj postupak prekinut nakon što je novi sovjetski poglavar postao Nikita Hruščov.
Tijekom praškog proljeća, 1968. je postao predsjednik Čehoslovačke te je uživao veliku popularnost među stanovništvom. Te godine, odigrala se sovjetska invazija Čehoslovačke, a on je, poučen grozotama oba svjetska rata, izdao naredbu da se čehoslovački vojnici ne bore protiv invazije. Otišao je u Moskvu i žestoko prosvjedovao pred Leonidom Brežnjevom zbog sovjetskih postupaka, ali nije pomoglo, te je Prag bio prisiljen potpisati moskovske protokole kojima su zaustavljene socijalističke reforme praškog proljeća. Usprkos tome, Svoboda je smatrao da je spasio na tisuće živote od mogućeg sovjetskog krvoprolića. 1975. je napuistio mandat predsjednika. Umro je 1979.