Nezavisna Država Hrvatska (1941-1945) proglašena je 10. aprila 1941. nakon ulaska njemačkih okupacionih trupa u Zagreb. Tokom prve godine postojanja NDH počinjeni su neki od najmasovnijih zločina ustaša nad srpskim, jevrejskim i romskim civilima i komunistima, među kojima je najviše bilo pripadnika hrvatskog naroda.
Ideologija ustaškog pokreta bila je temeljena na rasističkoj i ekstremno nacionalističkoj politici, po uzoru na fašističke pokrete u Evropi, osobito one najuticajnije - u Italiji i Njemačkoj, na osnovu čega ovaj pokret ubrajamo među fašističke pokrete. Osnovna tendencija ustaške politike ticala se stvaranja etnički homogenog prostora u kome neće biti mjesta za pripadnike srpskog, jevrejskog i romskog naroda, kao i za političke neistomišljenike, osobito kada je riječ o komunistima. Ovakva politika rezultirala je masovnim uništavanjem srpskog, jevrejskog i romskog stanovništva, kao i političkih protivnika bez obzira na etničko porijeklo. Ovakva praksa bila je karakteristična za sve djelove NDH.
Prvi masovni zločini Nezavisne Države Hrvatske i ustaškog pokreta otpočinju već u drugoj polovini aprila 1941. Zločini ustaškog pokreta i NDH traju do okončanja Drugog svjetskog rata.
Izbijanjem partizanskog ustanka u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini smanjen je intenzitet ustaških zločina u pojedinim regionima na području NDH. Ovo je naročito karakteristično za istočnu Hercegovinu, Liku, Kordun i Bosansku krajinu, gdje od druge polovine avgusta 1941, uslijed izbijanja ustanka, ustaški pohodi sve manje rezultiraju pokoljima, a ujedno gube na intenzitetu. Boljom organizacijom partizanskog pokreta i masovnijim prilivom boraca omogućeni su aktivniji otpor fašističkim formacijama i stvaranje slobodne teritorije. Jačanjem partizanskog pokreta krajem 1941. i osobito narednih godina, u većini regiona u Bosni i Hercegovini i Hrvatskoj smanjen je intenzitet ustaških zločina, iako je 1942. takođe bila obilježena brojnim zločinima.
Od kraja aprila do početka juna 1941. ustaše vrše ubistva odabranog muškog stanovništva, ali najčešće ne svih muškaraca u okviru pojedinih zajednica i naselja koja su bila izložena njihovim upadima, iako je u ovom razdoblju bilo značajnih izuzetaka (Gudovac, Hrvatski Blagaj). Od početka juna do početka avgusta vrše istrebljenja svih muškaraca u okviru naselja koja napadaju, mada je u ovom razdoblju bilo primjera kolektivnog istrebljenja čitavih porodica i zajednica (okolina Donjeg Lapca i okolina Gacka). Od početka avgusta ustaše vrše kolektivna istrebljenja čitavih naselja i zajednica, bez obzira na pol i uzrast. Ovakva praksa umnogome je osujećena stvaranjem slobodne partizanske teritorije u ljeto i jesen 1941, ali su ustaše u ovom razdoblju nastavile da deportuju čitave zajednice u logore, naročito kada je riječ o jevrejskom stanovništvu.
Boljom organizacijom partizanskog pokreta omogućen je aktivniji otpor fašističkim snagama i stvaranje slobodne teritorije. Ustaše sada moraju angažovati velike snage kako bi prodrle u srpska naselja, dok im je tokom ljeta 1941. polazilo za rukom da sa manjim snagama pohvataju velik broj stanovnika koje bi potom likvidirali. Međutim, u pojedinim regionima u kojima su uslovi organizovanja antifašističke borbe bili otežani (Srem, Slavonija, gradska naselja, itd.) ili u regionima koji su bili izloženi ofanzivama ustaških i njemačkih snaga (Kozara, Kordun, itd.) zabilježeni su masovni zločini i masovne deportacije lokalnog stanovništva u logore, što je podrazumijevalo izuzetno visoke ljudske gubitke. Takođe, tokom 1942. zapaža se masovnije uništavanje romskog stanovništva nego prethodne godine. Ovo se odnosi na kolektivne deportacije romskih zajednica u logor Jasenovac. Isto tako, tokom 1942. (naročito od aprila do septembra 1942) učestale su kolektivne deportacije stanovništva srpskih sela Bosanske krajine, Slavonije, Banije, Korduna i Srema, kao i masovne deportacije iz drugih regiona, u logor Jasenovac, a nastavljene su i deportacije jevrejskog stanovništva u logore, kao i prethodne godine.
Počev od druge polovine 1942. partizanske borbene aktivnosti prenose se na područja nastanjena hrvatskim stanovništvom (sjeverozapadna Hrvatska, itd., prethodno Dalmacija) i na taj način se Oružane snage NDH vezuju za daleko širi prostor što dovodi do smanjenja ustaških upada na područja nastanjena srpskim narodom. Zajednička borba srpskog i hrvatskog naroda protiv fašizma omogućila je vojno slamanje NDH.