HNK Šibenik osnovan je 1. prosinca 1932. godine pod imenom RSD Šibenik. No, konstituirajuća Skupština održana je tek 30. kolovoza 1933. godine na kojoj je za prvog predsjednika izabran dr. Martin Čičin-Šain. Veliki problem predstavljalo im je i nepostojanje adekvatnog igrališta. Najidealniji uvjeti za izgradnju novog igrališta bili su u Crnici, pored tvornice La Dalmatienne. Svečano otvorenje igrališta obavljeno je 31. svibnja 1936. godine kada je i održan turnir na kojem su, uz domaći Šibenik, sudjelovali Osvit, Split i AŠK iz Splita. Nekako u isto vrijeme osnovan je i Osvit - prvi registrirani klub u Šibeniku (osnovan 29. veljače 1933. godine u prostorijama hotela Krka). Za prvog predsjednika izabran je dr. Marko Grdović. Najveći problem predstavljalo je nepostojanje igrališta, no, i to je ubrzo riješeno. Izgrađen je stadion na Šubićevcu čije je svečano otvorenje uveličao Hajduk. Gosti su uvjerljivo s 10:2 nadvisili domaći Osvit. Osvit je brzo napredovao te je postigao niz značajnijih uspjeha u susretima s manjim i većim klubovima u Dalmaciji.
JRSK Šibenik 1935. godine postaje član splitskog nogometnog podsaveza. Osim nogometa, u okviru radničkog društva djelovale su i esperanto i šahovska sekcija, rukometna i boksačka sekcija, plivačka i atletska sekcija, …
Krajem 1939. godine Osvit proživljava krizu, te se fuzionira s novoosnovanim klubom Hajduk (14. travnja 1940. godine). Odlučeno je i da se Osvit ubuduće zove Građanski, a za njegova predsjednika izabran je Anton Antić. No, već 1941. vraćen je stari naziv Osvit.
Radnički sportski klub Šibenik raspušten je 28. prosinca 1940., na iznenađenje brojnih članova društva i brojnih simpatizerima. Iako je bilo pokušaja da društvo nastavi s radom, ti pokušaji nisu urodili plodom. A pored Šibenika, u Hrvatskoj je zabranom i progonom zahvaćeno oko 30 radničko-sportskih društava.
Oslobođenjem domovine stvorene su velike mogućnosti za razvoj svih sportova, samim time i nogometa. Krajem 1944. godine pokreće se akcija za osnivanje fiskulturnog društva na tradicijama radničkog sportskog kolektiva – RSD Šibenik. Ubrzo se to i ostvarilo, a temelje novog društva činili su uglavnom juniori i pomladak predratnog društva i mjesnog rivala Osvita. FD Šibenik 1946. godine prvi put sudjeluje u jednom prvenstvenom sportskom natjecanju, a već iduće godine osvaja naslov prvaka Dalmacije. Igrao je Šibenik i u Drugoj saveznoj ligi, republičkoj i međurepubličkoj ligi, Hrvatsko-slovenskoj ligi, jedinstvenoj drugoj ligi, …
Godine 1950. rasformiralo se fiskulturno društvo Šibenik i osnovao se samostalan nogometni klub pod nazivom Šibenik. Stadion na kojem je Šibenik igrao svoje utakmice otvoren je 1. svibnja 1948., a nosio je ime narodnog heroja Rade Končara.
U sezoni 1950./'51. Šibenik je osvojio prvo mjesto u republičkoj ligi, a dres Šibenika tada su nosili: Gaščić, Batinica, Tambača, Blažević. A. Erak, Tedling, Marenci, Bego, Đurić, … Iduće sezone Šibenik je prvi put postao drugoligaš, no, već u idućoj taj je status izgubio. U sezoni 1954./'55. Šibenik je po drugi put sudjelovao u natjecanju Hrvatsko-slovenske lige. Zauzeo je 4. mjesto te je stekao pravo sudjelovanja u I. zonskoj ligi. Od sezone 1958./'59. sve do 71./'72. Šibenik se natjecao u II. Saveznoj ligi – zapad. Sezone je uvijek završavao ili pri vrhu (četvrto ili peto mjesto) ili u sredini tablice (osmo, deveto mjesto). Šibenik je 1957. godine bio i polufinalist Kupa Jugoslavije.
U sezoni 1975./'76. Šibenik je bio pobjednik hrvatske lige, skupine jug. U kvalifikacijama za Drugu ligu, u dvije utakmice protiv sisačkog Metalca, nisu se uspjelu domoći Druge lige, te su ostali u hrvatskoj. Razdoblje između sezona 1975./'76. do sezone 1982./'83. jedno je od najlošijih u povijesti kluba. U jedinstvenoj jugoslavenskoj Drugoj ligi igrao je Šibenik u sezoni 1987./'88.. Dva je puta bio na domak Prve lige, ali nije uspio. I tada je, kao i danas, direktor kluba bio prof. Marko Karađole.
Godine 1992. godine preimenovan je u HNK Šibenik. Tijekom 1992. i 1993. zbog ratne opasnosti na Šubićevcu, NK Šibenik je domaće utakmice igrao na splitskom području. U 1. HNL su igrali od 1992. do sezone 2002./03., kada ispadaju u 2. HNL, a u najviši rang hrvatskog nogometa vraćaju se 2006. Uz to su imali i malo sreće jer kao prvak druge lige jug nisu trebali igrati dodatne kvalifikacije s prvakom druge lige sjever, koji nije dobio licencu za prvu ligu. U sezoni 2006/07 ostvaruju najveći dotadašnji uspjeh u povijesti, 4. mjesto u HNL. U sezoni 2009/10 ulaze u finale Hrvatskog kupa sa Hajdukom, a kao četvrtoplasirana momčad 1. HNL ostvaruju premijerni nastup u Uefinoj Europskoj ligi.
