Najraniji arheološki ostaci u blizini modernog naselja Borče su iz bronzanog i gvozdenog doba, ali medaljoni, figurine i kovani novac iz 3. ili 4. veka pre nove ere su takođe pronađeni. Zbog močvarnog područje, nije mnogo sačuvano, ali su pronađeni ostaci koji potvrđuju prisustvo Jaziga, Sarmata i Rimljana.
Kraljevina Ugarska i Osmansko carstvo
Austrougraski Kralj Žigmund je tokom druge polovine septembra 1427. godine logorovao u Borči, što ujedno predstavlja i najstariji do sada poznati pomen naselja.[1] Borča se spominje imenima Barcsa (ili Bercse). Naselje je pripadalo Kraljevini Ugarskoj, mada je moguće da njegovo ime ima slovenske korene (ime Barcsa verovatno potiče od slovenske reči "bara"), što ukazuje položaj naselja u močvarnim području Pančevačkog rita). Godine 1537. naselje su zauzeli Turci i uključili ga u Smederevski sandžak i dali mu status vakufa. Već 1567. Borča je pretežno naseljena Srbima. Za vreme austrijsko-turskih ratova, Borča je postala centar turske pogranične zone i bila je dobro utvrđena posle Karlovačkog mira, ali su je Austrijanci ipak osvojili 1717, a Požarevačkim mirom 1718. zvanično je predata Habzburškoj monarhiji.
Habzburška monarhija
Nakon Beogradskog mira 1739. Habsburška monarhija je bila u obavezi da sruši utvrđenja, ali je zbog izbijanja kuge 1743. čitavo selo Borča spaljeno do temelja. Novo naselje je nastalo oko kule Stara Borča (Alt Borcsa) 1794. koje je postala centar opštine kao deo Banatske krajine, dela habsburške Vojne krajine.
Godine 1848-1849, Borča je pripadala Srpskoj Vojvodini, srpskoj autonomnoj oblasti u okviru Habsburške monarhije, ali je 1849. opet stavljena pod upravu Vojne krajine. Nakon transformacije u Habsburške monarhije u Austro-Ugarsku 1867. i ukidanja Vojne krajine 27. juna 1873. Borča je postala deo ugarske polovine monarhije, kao deo Pančevačkog distrikta Torontalske županije sa sedištem u današnjem Zrenjaninu. Borču je nakratko zauzela srpska vojska u Prvom svetskom ratu (od 6. septembra do 14. oktobra 1914).
Jugoslavija i Srbija
Kako je Pančevački rit bio plavno zemljište, za vreme izuzetno visokog vodostaja Dunava (naročito 1826, 1888 i 1924), cela oblast i naselja su potpuno potopljena, što je pretvorilo močvaru u veliko jezero. Zabeleženo je da su tokom poplave 1924. spasilački brodovi morali da manevrišu između telefonskih stubova, a da su mrtvi sahranjivani iz čamaca[2]. U periodu 1929-1933 izgrađen je 89 kilometara dug nasip koja štiti od daljeg plavljenja Borče. U isto vreme, sagrađeni su drum i železnička pruga koji povezuju Borču sa Beogradom. su takodje gradili.
Nakon sloma Austro-Ugarske 1918, Borča je postala deo Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca (buduće Kraljevine Jugoslavije), pošto je srpska vojska ušla u naselje 9. novembra 1918. Od 1918. do 1922. Borča je bila deo Banatske oblasti, od 1922. do 1929. deo Beogradske oblasti, a od 1929. do 1941. deo uprave grada Beograda (Pančevački okrug). Između 1941. i 1944. Borču je okupirala nemačka vojska i uključila ju je u autonomni region Banat pod nemačkom upravom.
Godine 1949. opština je raspuštena, a ceo prostor od Pančevačkog rita postao je Deveti reon Beograda. Borča je ponovo dobila svoju opštinu 30. maja 1952, ali je 1955. sa opštinama Ovča, Krnjača i Padinska Skela spojena u opštinu Krnjača. Ova opština je kasnije pripojena beogradskoj opštini Palilula 1965.
Ovo naselje je u uglavnom naseljeno Srbima (prema popisu iz 2002. godine), a u poslednja tri popisa, primećen je porast u broju stanovnika.
