В 1959 году в школе под руководством Д. Б. Эльконина и В. В. Давыдова была образована лаборатория, занимавшаяся исследованием возможностей младших школьников. В 1963 году школа получила статус экспериментального общеобразовательного учреждения Академии педагогических наук РСФСР. С 1969 года в школе набираются математические классы[3], под руководством заслуженного учителя РФ Владимира Мироновича Сапожникова (1936—2004).
В 2022 году ко дню рождения школы была выпущена книга "В сердце 91" с рассказами бывших и нынешних учителей и учеников, людей которые внесли большой вклад в развитие школы.
В первый класс детей принимают начиная с возраста 6 лет и 6 месяцев после собеседования с педагогами и психологами[3].
8 ноября 2011 года школа № 91 вошла в официальный рейтинг лучших школ Москвы, заняв в нём 27-е место, и получила от столичных властей грант 10 миллионов рублей[5].
С 2012/2013 учебного года 5-е классы продолжают обучение по системе Эльконина — Давыдова, в настоящее время система уже внедрена в 6-е, и планируется также ввести её в 7-е классы[источник не указан 781 день]. В 2016 году школа не вошла в 300 лучших школ Москвы[источник не указан 781 день].
↑ 123Александр ШараповСамые интересные школы Москвы (неопр.). «Большой город» (3 июня 2008). Дата обращения: 2 января 2012. Архивировано из оригинала 27 декабря 2010 года.
↑Квант равновесия (неопр.). Дата обращения: 5 апреля 2014. Архивировано из оригинала 7 апреля 2014 года.