С сентября 1954 по февраль 1956 года — старший помощник командира подводной лодки «С-155».
С февраля 1956 по март 1959 года — командир подводной лодки «С-147».
С марта 1959 по август 1962 года — командир атомной подводной лодки «К-21». В 1962 году эта подводная лодка под его командованием впервые в отечественном флоте совершила автономное плавание продолжительностью 50 суток и, пройдя подо льдами Арктики, отработала методику подлёдного плавания, всплытия в полынье.
В феврале-марте 1966 года участник и командир походного штаба трансокеанского перехода двух атомоходов «К-116» и «К-133» под руководством контр-адмирала А. И. Сорокина с Северного на Тихоокеанский флот, которые впервые в истории советского флота за полтора месяца прошли 25 тысяч миль в подводном положении, ни разу не всплывая на поверхность.
С 14 февраля по 25 августа 1992 года — командующий ВМФ ОВС СНГ[5][6].
С 25 августа 1992 по 6 февраля 1993 года — в распоряжении Министра обороны Российской Федерации.
В 1993 году уволен в отставку.
В 1993—1994 годах — директор Российского государственного морского историко-культурного центра при правительстве Российской Федерации (ныне Росвоенцентр). С 1995 по 2020 год являлся главным специалистом ВМФ.
С 2008 по 2023 год — генеральный инспектор Службы генеральных инспекторов Министерства обороны Российской Федерации, с 2011 по 2023 год — ведущий аналитик Управления генеральных инспекторов Министерства обороны Российской Федерации[7][8]. С 1992 по 2014 год — президент, с 2014 года — почётный президент РОО «Союз моряков-подводников ВМФ России».
Герой Советского Союза (18 февраля 1981 года, медаль № 11451) — за большой вклад в повышение боевой готовности сил флота и умелое руководство ими в сложных условиях Мирового океана, личное мужество, проявленное в сложных и ответственных океанских походах;
На морских и океанских просторах. — М.: Знание, 1987.
Флот в судьбе России. — М.: Андреевский флаг, 1993.
Атомный подводный… Флот в судьбе России. — М.: Андреевский флаг, 1997.
Размышления после походов и штормов. — 1997.
Борьба на коммуникациях: уроки войн и современность. — М.: Патриот, 2003.
Оперативная и боевая подготовка в Военно-Морском Флоте накануне и в годы Великой Отечественной войны // Военно-исторический журнал. — 1984. — № 7. — С. 27—35.
Организация боевого обеспечения подводных лодок (По опыту Великой Отечественной войны) // Военно-исторический журнал. — 1985. — № 12. — С. 22—28.
Опыт ведения боевых действий подводными лодками на различных морских театрах в ходе Великой Отечественной войны // Военно-исторический журнал. — 1986. — № 7. — С. 11—21.
М. М. Тхагапсов. На службе Отечеству. — Майкоп: ООО «Качество», 2015. — С. 180. — 262 с. — 500 экз. — ISBN 978-5-9703-0473-0.
Военные моряки — Герои подводных глубин (1938—2005): биографический справочник. — М.: Кучково поле; Кронштадт: Морская газета, 2006. — 366 с. — ISBN 5-86090-212-3. — С. 335—337.
Костев И. Г. Подводный флот от Сталина до Путина. — М.: ООО «СОНЭКС ЦЕНТР», 2008.
Черкашин Н. А. Возмутители глубин: секретные операции советских подводных лодок в годы холодной войны. — М.: Вече, 2014. — 301 с. — (Военные тайны XX века). — ISBN 978-5-4444-1955-7.