В настоящее время в центре производится хранение обогащённого урана и ядерных боевых частей, а также их ремонт и регламентное обслуживание. На объекте заняты в общей сложности 6 тысяч человек.
9 декабря 1999 года на заводе произошёл крупный взрыв, при этом десять человек подверглись радиоактивному облучению.[4]
28 июля 2012 года активист антиядерного общественного движения и католическая монахиня из «Общества Святого Младенца Иисуса» Меган Райс, вместе с двумя активистами-последователями, 63-летним Майклом Уолли (Michael R. Walli) и 57-летним Грегори Боертье-Обедом (Gregory I. Boertje-Obed), проникла, разрезав проволочную решётку ограждения, на территорию Y-12. Там они распылителем краски нанесли антивоенные лозунги и символическую пролитую кровь (потёки красной краски) на стены тщательно охраняемого хранилища высокообогащённого урана, натянули ленту, которой полицейские ограждают место преступления, а также нанесли некоторые повреждения с помощью кувалды. Им удалось пробыть на территории Центра около двух часов, прежде чем охранники их заметили и задержали. Оправдывая своё проникновение, трое активистов цитировали как Библию, призывающую к миру во всём мире, так и Договор о нераспространении ядерного оружия. Как сообщила «The New York Times», специалисты по ядерному оружию назвали эту акцию «самой большой брешью в системе защиты за всю историю национального атомного комплекса».[5][6][7] После случившегося, правоохранительные органы и правительственный департамент энергетики провели расследование, в ходе которого были выявлены «вызывающие беспокойство свидетельства некомпетентности» в обслуживании ядерного объекта. В результате произошли перемены в руководстве Национальной администрации по вопросам ядерной безопасности; Правительство США прекратило сотрудничество с компанией WSI, занимавшейся охраной объекта «Y-12»; ряд сотрудников этого объекта были уволены или понижены в должности.[8]