Автор ряда монографий и большого числа статей в научных журналах по теме средневековой истории адыгов, истории адыгской диаспоры, черкесских мамлюков, адыго-славянских этнокультурных связей в средние века и нового времени, а также источниковедению. Составитель сборников документов и материалов по агрикультуре, коневодству и истории отдельных исторических регионов Черкесии.
В 1992 году с отличием закончил исторический факультет Адыгейского государственного университета (АГУ) и в том же году был принят научным сотрудником в отдел этнологии Адыгейского республиканского института гуманитарных исследований. Тогда же поступил соискателем на кафедру Отечественной истории исторического факультета АГУ. В 1997 году защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата исторических наук по теме «Черкесские мамлюки (XIII—XVIII вв.)» (специальность 07.00.02 Отечественная история).
В июле того же 1997 года участвовал в работе проходившего в Будапеште (Венгрия) XXXV Международного конгресса азиатских и северо-африканских исследований (ICANAS), выступив там с докладом по теме «Аланы в мамлюкском Египте. XIII—XV вв.». В июле 2004 года принял участие в работе XXXVII того же конгресса в Москве с докладом «Военное отходничество адыгов в средние века и новое время». Так же в июле 2006 года принимал участие в работе II Северо-Атлантической конференции по народной скрипке (NAFCo) с докладом «Шотландско-черкесские этнографические параллели».
Является автором сценария к документально-игровому фильму «Черкесия» (2007).
В 2017 году защитил докторскую диссертацию по теме «Генезис адыгского (черкесского) этнополитического пространства в XIII—XVI вв.: Проблемы и перспективы исследования» (специальность 07.00.02 Отечественная история).
Основная библиография
Диссертации
Хотко С. Х. Черкесские мамлюки (XIII—XVIII вв.). — диссертация … кандидата исторических наук. — Майкоп, 1997. — 234 с.
Старые черкесские сады. Ландшафт и агрикультура Северо-Западного Кавказа в освещении русских источников. 1864—1914: в 2 томах / Сост., вступ. ст. и примеч. С. Х. Хотко. — М.: Олма-Пресс, 2005. — 444 + 414 с. — ISBN 5-224-05244-0 (Т. 1). — ISBN 5-224-05246-7 (Т. 2).
Черкесская лошадь. Коневодство и коннозаводство: Сборник источников / Сост., вступ. ст. и комм. С. Х. Хотко. — Нальчик: Изд-во М. и В. Котляровых («Полиграфсервис и Т»), 2008. — 424 с.
Черкесия в картах XIV—XIX веков / Сост. Б. Езбек, Х. М. Дауров, А. В. Джамирзе, С. Х. Хотко; вступ. ст. и комм. к картам С. Х. Хотко. — Краснодар: АлВи-Дизайн, 2011. — 192 с.
Литература
Хотко Самир Хамидович / Кто есть кто // Адыгская (Черкесская) энциклопедия / Гл. ред. М. А. Кумахов. — М.: Фонд им. Б. Х. Акбашева, 2006. — С. 1083. — ISBN 5-99003-371-0.