В связи с возникшей угрозой захвата столицы власти решили эвакуировать глав религиозных объёдинений, в том числе обновленчества. Для управления Московской епархией было решено хиротонисать двух епископов: Анатолия Филимонова во епископа Коломенского и Сергия (Ларина) в епископа Звенигородского[4].
9 октября 1941 года, будучи в браке, был хиротонисан во епископа Коломенского, 1-го викария Московской митрополии. Хиротонию совершили: Александр Введенский и Виталий (Введенский)[3]. При этом он остался служить в своём храме святителя Николая на Преображенском кладбище.
10 октября 1941 года Первоиерарх Московский и всех православных церквей в СССРВиталий (Введенский) ушёл в бессрочный отпуск, передав свой титул Первоиерарха своему заместителю, митрополиту Александру Введенскому. 11 октября 1941 года состоялась хиротония архимандрита Сергия (Ларина) во епископа Звенигородского, 2-го викария Московской митрополии. В хиротонии приняли участие Алесандр (Введенский), Виталий (Введенский) и Анатолий Филимонов[5].
12 октября 1941 года в Москве было создано Московское епархиальное управление, в состав которого вошли епископ Анатолий Филимонов, епископ Сергий (Ларин) и другие. И епископ Анатолий Филимонов был поставлен временно управлять Московской митрополией, став председателем епархиального управления.
14 октября 1941 года руководители обновленчества, Виталий Введенский и Александр Введенский были эвакуированы в Ульяновск[4].
8 мая 1942 года скоропостижно скончался на 63-м году жизни. 10 мая был похоронен на Преображенском кладбище в Москве.
Лавринов В., прот. Обновленческий раскол в портретах его деятелей. — М.: Общество любителей церковной истории, 2016. — С. 107—108. — 736 с. — (Материалы по истории Церкви. Книга 54). — ISBN 978-5-9906510-7-4.