Основателем монастыря стал бывший игумен Константино-Еленинской обители расположенной около Владимира, преподобный Пахомий Нерехтский, ученик преподобного Сергия Радонежского. Он покинул свой монастырь в стремлении к отшельничеству и поселился на берегу реки Солоницы при впадении в нее речки Гридевки, в месте, носившем название Сыпаново. Там (около 1365—1378 годов) был построен храм во имя Живоначальной Троицы, братские кельи и гостиница для паломников. Для нового храма преподобный написал икону Пресвятой Троицы. После смерти 21 марта 1384 года преподобный был погребен в храме[1].
В 1675—1676 годах на месте деревянного храма построен каменный, главный алтарь которого также освящён в честь Троицы, с Пахомиевым приделом, где под спудом находились мощи преподобного Пахомия[1].
В ходе монастырской реформы XVIII века монастырь был упразднён, храм стал приходским и оставался им до закрытия в 1937 году.
Определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 22 декабря 1992 года монастырь возрождён как женская обитель. Храм и монастырские постройки восстановлены. К монастырю приписаны Никольская часовня на Молочной горе в Костроме и Владимирский собор города Нерехты, который когда то относился к упразднённому Богородицкому Владимирскому Сретенскому женскому монастырю[1].