Сборная Южного Судана представляет Южный Судан в международных матчах и турнирах по футболу. Управляющая организация — Футбольная Ассоциация Южного Судана.
ФФЮС является членом КАФ. Создана в 2011 году. 10 июля состоялся первый в истории матч национальной команды — в товарищеской игре южносуданцы уступили в Джубе кенийскому клубу «Тускер» со счётом 1:3. Первый гол в истории команды в этом матче забил Джеймс Мога.
Несколько игроков прежде выступали за сборную единого Судана.
3 августа, также в Джубе, сборная Южного Судана сыграла вничью в товарищеском матче с угандийским клубом «Вилла» из Кампалы — 1:1.
25 мая 2012 года на конгрессе ФИФА в Будапеште Южный Судан был принят в ФИФА.
Первый официальный международный товарищеский матч сборная Южного Судана провела 10 июля 2012 года против сборной Уганды. Ничья — 2:2.