В 1600 году, в битве при Сэкигахаре, Юкимура встал на сторону Западной армии. Он сражался против Токугавы Хидэтада в замке Уэда, успешно задерживая его продвижение к Сэкигахаре с подкреплением в виде 38 000 воинов. Он также выступил против Токугавы в битве при Осаке, где и погиб.
Период Эдо
Санада Нобуюки был старшим сыном Масаюки. В 1587 году он женился на Комацухиме(Ине), приёмной дочери Токугавы Иэясу(настоящей дочери Хонды Тадакацу). В 1600 году он встал на сторону Восточной Армии. Ему был отдан под контроль домен Уэда и домен Нумата с доходом от 65 000 коку. В 1622 году Нобуюки был переведён в домен Мацусиро с доход от 100 000 коку. Его потомки оставались там до реставрации Мэйдзи.
Силы клана Санада приняли участие в нападении на Айдзу в 1868 году, на сторону императорской армии. Они должны были взять на себя ответственность за военнопленных Айдзу, но отказались.