В 1602 году был рукоположен в священники. Позже вернулся на родину и в 1603 году был назначен викариемНючепинга, в этой должности служил до 1627 года.
В 1627 году назначен епископом Або ныне Турку . Приехав на место будущей службы, И. Ротовиус не мог говорить по-фински. Он в то время считал финнов (особенно в первые годы его правления) варварами.
Епископ Ротовиус заставил финскую евангелическо-лютеранскую церковь и её священников изменить некоторые из привычных обрядов, таких как чтение отрывков из Библии с разных сторон церкви и ношение разноцветных предметов одежды, которые напоминали ему о финской католической церкви. Наиболее заметными достижениями епископа Ротовиуса были его помощь в ускорении перевода всей Библии на финский язык (завершено в 1642 году), а также в превращении в 1630 году Кафедральной школы Або (Турку) в гимназию и поддержка в 1640 году создания Академии Або.
