Эмили Проктер родилась 8 октября 1968 года в городе Роли (Северная Каролина) и младенцем была удочерена семьёй врача общей практики Уильяма Проктера и домохозяйки Барбары Джонс. Несмотря на внешнее благополучие семьи, родители Эмили развелись, когда ей было три года; будущая актриса и её брат Вит остались жить с матерью.
Эмили с детских лет мечтала играть в кино, поэтому очень расстроилась, когда ей не удалось поступить на театральный факультет в университете Восточной Каролины из за того, что не было мест. Эмили пришлось заняться журналистикой и танцами. Уже во время учебы она начала работать на телевидении — была метеорологом на канале филиала CBS в Гринвилле.
После окончания учебы Эмили переехала в Лос-Анджелес, где поступила на актерские курсы, которые в течение двух лет оплачивал её отец.