Потомок дворянского рода из Льежского епископства; его предок Жан Мартен Пирке командовал вооружёнными силами епископства и получил дворянство в 1742 году. Петер Мартин Пирке де Мердага поступил в 1799 году в австрийскую армию и в 1818 году за военные заслуги получил баронский титул.
В 1908 году габилитирован, после чего отправился в США и в течение двух лет преподавал педиатрию в Университете Джонса Хопкинса. Отклонив предложение остаться в стране, вернулся в Европу и в 1910—1911 гг. преподавал в Бреслау, после чего вернулся в Вену и занял освободившуюся после смерти его учителя Эшериха кафедру педиатрии в клинике Венского университета; оставался на этом посту до конца жизни.
28 февраля 1929 года Пирке с женой совершил двойной суицид, приняв цианид калия; предположительно причиной этого стала болезнь жены.
Научные достижения
В 1906 году Клеменс фон Пирке предложил использовать для обозначения необычной, изменённой реактивности организма на действие различных факторов внешней среды термин «аллергия» (греч. άλλος ("другое") и έργο ("работа организма") — реакция на чужое)[6].
