В 1177 году была назначена своим братом Филиппом I Эльзасским наследницей престола Фландрии. В 1191 году Филипп I умер во время третьего крестового похода и Маргарита стала графиней Фландрии. Вместе с ней стал соправителем её муж Бодуэн V (под именем Бодуэна VIII).