Село Малая Перещепина находится на краю нескольких больших болот, в том числе болото Великое. Вокруг села много небольших озёр, в том числе озёра Водопай, Хилково и Священное. К селу примыкает лесной массив (сосна).
Село основано в XVII веке переселенцами из Правобережной Украины, но первое упоминание об этом поселении относится к VI веку н. э., когда здесь кочевали древние болгарские племена. К тому же вблизи села выявлены остатки двух поселений поздней бронзы (XII—IX века до н. э.), а в 1912 году за селом найден знаменитый Перещепинский клад.