Поступил на службу во флот в Бресте 1 октября 1776 года на линейный корабль César.
Участвовал в войне за независимость США. 2 февраля 1779 года Шарль Линуа произведён в чин лейтенанта фрегата (lieutenant de frégate) и назначен на 74-пушечный корабль Scipion. 1 июня 1781 года был произведён в чин энсина порта (enseigne de vaisseau et de port), а в 1784 году — в чин младшего лейтенанта порта (sous-lieutenant de port), и 1 мая 1789 года — в чин лейтенанта (lieutenant).
В 1791 году Шарль Линуа был произведён в чин лейтенанта корабля (lieutenants de vaisseau, соответствует чину капитан-лейтенанта) и получил под командование 36-пушечный фрегат l'Atalante, на котором плавал у берегов Индии и Северной Америки. 7 мая 1794 года, командуя фрегатом Atalante и корветом Levrette, атаковал британский торговый конвой у берегов Корка, однако был вынужден вступить в бой с британским 74-пушечным кораблем Swiftsure и 64-пушечным St Albans и после ожесточённого сражения спустил флаг.
После обмена пленными Линуа возвратился в Брест, где 2 ноября 1794 года был произведён в чин капитана корабля (capitaine de vaisseau, соответствует чину капитан первого ранга). 10 июня следующего года назначен командиром 74-пушечного корабля Le Formidable, на котором участвовал в сражении у острова Груа, где был дважды ранен, лишился глаза и снова попал в плен. Был обменян на британского капитана и с декабря 1795 года командовал кораблём Nestor.
22 марта 1796 года Шарль Линуа назначен командиром дивизиона (chef de division) из трёх кораблей и четырёх фрегатов и участвовал в экспедиции в Ирландию. Добравшись до залива Бэнтри[англ.], решил отказаться от высадки десанта и эскадра возвратилась в Брест, захватив по пути три приза. 22 апреля 1798 года назначен командиром 74-пушечного корабля Jean-Jacques Rousseau.
27 февраля 1799 года назначен начальником штаба военно-морских сил в Бресте, а 8 апреля произведён в чин контр-адмирала. 13 июня 1801 года, направляясь во главе эскадры в Кадис, Шарль Линуа захватил британский шлюп «Спиди» под командованием лорда Томаса Кохрейна, а 6 июля отбил атаку британской эскадры под командованием контр-адмирала сэра Дж. Сумаресапри Альхесирасе и захватил севший на мель 74-пушечный корабль HMS Hannibal. Возвращаясь в Кадис в составе франко-испанской эскадры, потерял два испанских корабля в результате боя c преследовавшей британской эскадрой.
С 12 января 1802 года командовал эскадрой из трёх линейных кораблей и трёх фрегатов в Сан-Доминго. С 13 января 1803 года командовал эскадрой в Ост-Индии. 15 февраля 1804 года у входа в Малаккский пролив его эскадра пыталась захватить неохраняемый торговый караван Ост-Индской компании под командованием коммодора Н. Данса, но Шарль Линуа действовал нерешительно и, не доведя атаку до конца, бежал[4].
13 марта 1806 года при возвращении во Францию его эскадра (74-пушечный корабль Marengo и 40-пушечный фрегат la Belle-Poule наткнулась на британскую эскадру под командованием вице-адмирала Д. Б. Уоррена и после ожесточённого сражения была захвачена. На этот раз недовольный им Наполеон I обменивать Шарля Линуа не стал[5].
Освобождён из плена в 1814 году и 13 июня назначен губернатором Гваделупы, а 5 июля награждён орденом Святого Людовика. Во время Ста дней поддержал Наполеона, и после его поражения 10 августа 1815 года сдался англичанам. 26 декабря 1815 года Шарль Линуа был предан военному суду, но 11 марта 1816 года полностью оправдан.