Родился 1 (13) ноября 1844 года в слободе Русская ХаланьНовооскольского уездаКурской губернии в семье Павла Ивановича Кондакова, который в то время числился «помещика Трубецкого дворовый человек» (то есть был в составе крепостной прислуги помещика), затем был главноуправляющим имениями князей Трубецких, купцом 3-й гильдии. Мать — Елена Филипповна Кондакова.
С 1917 года Кондаков жил в Одессе, с 1918 года — в Ялте. В 1920 году эмигрировал в Константинополь, затем — в Софию (Болгария), где до 1922 года был профессором Софийского университета.
О некоторых мелких предметах древности, найденных в Аккермане в 1867 году / [Соч.] Н. Кондакова. — [Санкт-Петербург]: тип. Имп. Акад. наук, [1878]. — 5 с.
Греческие терракотовые статуэтки [в их отношении к искусству, религии и быту] / [Соч.] Н. Кондакова. — Одесса: Франко-рус. тип. Л. Даникана, 1879. — 107 с., 6 л. ил.
Мозаики мечети Кахрие-Джамиси Monh the Xλpaε в Константинополе / [Соч.] Н. Кондакова. — Одесса: тип. Г. Ульриха, 1881. — [2], 39 с., 12 л. ил. — (История византийского искусства и иконографии. Мозаики; 2)
О научных задачах истории древнерусского искусства / Н. П. Кондаков. — [Санкт-Петербург]: ОЛДП [Общество любителей древн. письменности], 1899. — [2], 60 с., 10 л. ил. — (Памятники древней письменности и искусства; 132)
Заметка о миниатюрах Кёнигсбергского списка начальной летописи / Н. П. Кондаков. — [Санкт-Петербург]: тип. И. Н. Скороходова, 1902. — 15 с.
Македония : Археол. путешествие / [Соч.] Н. П. Кондакова. — Санкт-Петербург: Отделение рус. яз. и словесности Имп. Акад. наук, 1909. — [6], 308 с., 13 л. ил.
Введение в археологию варваров: Лекции акад. Кондакова, чит. перед его смертью в Праж. университете. — Прага: Б. и., [1924]. — 60 с.
The Russian Icon, Oxford, 1927.
Ruska ikona / N. P. Kondakov. — Praha: Seminarium kondakovianum, 1928.
Русская икона. В 4-х томах. Прага, 1928—1933 (репринт М., 2004).
Очерки и заметки по истории средневекового искусства и культуры = Prispevky k dejinam stredovekeho umeni a kultury. — Прага: Издательство Чеш. акад. наук и искусств, 1929. — 455 с., [1] л. ил.
Чтения по истории античного быта и культуры // Сб. статей по археологии и византиноведению, изд. Семинарием им. Н. П. Кондакова. Прага, 1931. Т. 4. С. 3—32.
Воспоминания и думы Н. П. Кондакова. — Prague: Seminarium kondakovianum, 1927. — 79 с.; М., 2002; в кн.: Мир Кондакова. М., 2004.
Барельефы (V—VI стол. по Р. Х.) деревянной двери базилики Св. Сабины, что на Авентинском холме в Риме (1876) / публ. И. Л. Кызласовой // Мир Кондакова. М., 2004. С. 115—133.
Iconographie de la Mère de Dieu. Vol. III / ed. a cura di I. Foletti. Roma, 2011.
Foletti Ivan. From Byzantium to Holy Russia: Nikodim Kondakov (1844—1925) and the invention of the icon / Ivan Foletti; translated by Sarah Melker. — Roma: Viella, 2017. — 282 с., [16] л. ил. — (I libri di Viella. Arte) (Studia artium mediaevalium brunensia; 5) — ISBN 978-88-6728-752-9.
Семья
Первая жена Вера Александровна Кондакова (урожд. Гилярова) (1839—1913); умерла 24 мая 1913 года в Ялте и была похоронена на Иоанно-Златоустовском кладбище[9].
Вторая жена Екатерина Николаевна Клетнова (1869—1938), археолог, геолог, этнограф, автор стихов и пьес (псевд. Борисова, Смоленская, Полуботок).
Приёмный сын — Сергей Никодимович Кондаков (1878—1940), историк искусства, библиограф, художественный критик, публицист, журналист, переводчик. С осени 1920 — в эмиграции; жил с декабря 1921 в Софии, с марта 1921 года — в Праге, с апреля 1928 года — во Франции.
Приёмный сын — Пётр Никодимович Кондаков (1886—1919), офицер Белой армии.
Память
Объединившийся вокруг Никодима Павловича Кондакова кружок молодых учёных, известный впоследствии как Seminarium Kondakovianum, был в 1931 году преобразован в Археологический институт имени Кондакова. Институт считается одним из центров учения и идеологии евразийства[источник не указан 3237 дней].
Айналов Д. В. Академик Н. П. Кондаков как историк искусства и методолог (1928) // Кондаков Н. П. Воспоминания и думы / Сост. И. Л. Кызласова. М., 2002. С.324-347.
Басаргина Е. Ю. Археологический институт им. Н. П. Кондакова (Seminarium Kondakovianum): По материалам архивов Праги // Мир русской византинистики. СПб., 2004. С. 766—811.
Беляев C. А. Семинарий имени академика Н. П. Кондакова — неотъемлемая часть русской национальной культуры // Древняя Русь. Вопросы медиевистики. 2000. № 1. С. 95-105.
Бонгард-Левин Г. М., Зуев В. Ю., Кызласова И. Л., Тункина И. В. Письма М. И. и С. М. Ростовцевых к Н. П. и С. Н. Кондаковым // Скифский роман. М., 1997.
Кондаковские чтения: Античность — Византия — Древняя Русь. Материалы международных научных конференций. Вып. 1-4 / Ред.-сост. Н. Н. Болгов. — Белгород: БелГУ, 2004, 2007, 2010, 2013.
Котикова П. Б.КОНДАКОВ Никодим Павлович // Императорский Московский университет: 1755—1917: энциклопедический словарь / составители А. Ю. Андреев, Д. А. Цыганков. — М.: Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН), 2010. — С. 343—344. — 894 с. — 2000 экз. — ISBN 978-5-8243-1429-8.
Кызласова И. Л. История изучения византийского и древнерусского искусства в России. Ф. И. Буслаев и Н. П. Кондаков: методы, идеи, теории. М., 1985. 184 стр.
Кызласова И. Л. Из переписки А. П. Чехова и Н. П. Кондакова // Чеховские чтения в Ялте. Чехов сегодня. Сб. научных трудов. М., 1987. С. 94-106.
Кызласова И. Л. Из архива академика Н. П. Кондакова // Музей. Художественные собрания СССР. М., 1987. Вып. 8. С. 259—261.
Кызласова И. Л. Из эпистолярного наследия Н. П. Кондакова // Археографический ежегодник за 1988 год. М., 1989. С. 210—222.
Кызласова И. Л. Кондаков Никодим Павлович (1844—1925) // Русское зарубежье: Золотая книга русской эмиграции. Первая треть XX века. Энциклопедический словарь. М., 1997. С. 303—305.
Кызласова И. Л. Из истории гуманитарных наук в России (1917—1925 гг.). По материалам писем к академику Н. П. Кондакову // Вспомогательные исторические дисциплины. СПб., Изд. 1998. Вып. XXVI. C. 266—282.
Кызласова И. Л. История отечественной науки об искусстве Византии и Древней Руси. 1920—1930 годы (по материалам архивов). М., 2000. 435 стр.
Кызласова И. Л. Н. П. Кондаков и А. С. Уваров. По материалам переписки // Archeologia abrachamica. М., 2009. С. 93-114.
Лазарев В. Н. Никодим Павлович Кондаков. М., 1925. 2-е изд. в : Он же. Византийская живопись. М., 1971. Библ. С. 7-19.
Лаптева Л. П. Кондаков Никодим Павлович // Славяноведение в дореволюционной России. Биобиблиографический словарь. М., 1979. С. 187—188.
Мир Кондакова. Публикации. Статьи. Каталог выставки / сост., науч. ред., И. Л. Кызласова. М., 2004. 392 стр. Библ. трудов Н. П. Кондакова и основная литература о нём.
Муромцева В. Н. Академик Н. П. Кондаков (К пятилетию со дня смерти) // Последние новости. 12 фев.1930 г. 2-е изд.в: Кондаков Н. П. Воспоминания и думы / Сост. И. Л. Кызласова. М., 2002. С.348-358.
Никодим Павлович Кондаков. 1844—1924.К восьмидесятилетию со дня рождения. Прага., 1924. 2-е изд.: Кондаков Н. П. Воспоминания и думы / Сост. И. Л. Кызласова. М., 2002. С.199-228.
Никодим Павлович Кондаков 1844—1925: Личность, научное наследие, архив: К 150-летию со дня рождения. (Сборник статей). СПб., 2001.
Русские писатели-богословы: Исследователи богослужения и церковного искусства: Биобиблиографический указатель. Богословско-литургический словарь / Сост. О. В. Курочкина, Н. С. Степанова, А. С. Чистякова; предисл. О. В. Курочкиной. М., 2004. С. 74-83.
Смирнов А. С. Неизвестный Н. П. Кондаков: из истории изучения Палестины и Македонии // Проблемы сохранения, изучения и популяризации культурного наследия Русской православной церкви. — Москва : Исторический музей, 2017. — 462 c. — C. 271—286
Тункина И. В. Академик Н. П. Кондаков: последние годы жизни (по материалам эпистолярного наследия) // Мир русской византинистики. СПб., 2004. С. 641—765.
Тункина И. В. Н. П. Кондаков: Обзор личного фонда // Архивы русских византинистов в Петербурге. СПб., 1995. С. 93-119.
Щенникова Л. А. Н. П. Кондаков и русская икона // Вопросы искусствознания. М., 1996. Вып. 8. С. 538—561.
Foletti I. Da Bisanzio alla santa Russia: Nikodim Kondakov (1844—1925) e la nascita della storia dell’arte in Russia, Roma, 2011. 280 р.
Foletti Ivan. From Byzantium to Holy Russia: Nikodim Kondakov (1844—1925) and the invention of the icon / Ivan Foletti; translated by Sarah Melker. — Roma: Viella, 2017. — 282 p. — (I libri di Viella. Arte) (Studia artium mediaevalium brunensia; 5) — ISBN 978-88-6728-752-9
Ivan Foletti, From Byzantium to Holy Russia Nikodim Kondakov (1844—1925) and the Invention of the Icon, Roma: Viella 2017, ISBN 9788867287529
Khrushkova L.G. N. P. Kondakov // Personenlexikon zur Christlichen Archäologie. Forscher und Persönlichkeiten vom 16. bis 21. Jahrhundert / St. Heid, M. Dennert (Hg.). 2. Bd. Regensburg, 2012. Sp. 751—754.