Фабрисио Колоччини начал заниматься футболом в клубе «Архентинос Хуниорс». Затем в 1998 году перешёл в «Бока Хуниорс». За два сезона, проведённых в аргентинском клубе, он сыграл 2 матча и забил один гол.
В марте 2000 года Фабрисио перешёл в «Милан», но появился на поле всего один раз. В 2000 году был отдан в аренду в аргентинский «Сан-Лоренсо де Альмагро» на полгода. С «Сан-Лоренсо» Колоччини выиграл чемпионат Аргентины (Клаусура), сыграв 19 матчей и забив 3 гола. В 2001 году Коло был отдан в аренду испанскому «Депортиво Алавес» (33 матча и 6 забитых мячей). В сезоне 2002/03 он выступал за «Атлетико Мадрид» (27 матчей), в сезоне 2003/04 — за «Вильярреал» (32 матча и один гол).
В 2004 году Колоччини вернулся в «Милан», но не сыграл за свой клуб ни одного матча и зимой 2005 года был продан в испанский «Депортиво Ла-Корунья»[5]. За четыре года, проведённых в галисийском клубе, Фабрисио сыграл 105 матчей и забил четыре гола.
В августе 2008 года Колоччини подписал пятилетний контракт с «Ньюкасл Юнайтед»[6]. В июле 2011 года стал капитаном «сорок»[7].