Колон, наряду с Панамой, является главным портом страны. Со столицей, кроме водного пути Панамского канала, связан железной и шоссейной дорогами, идущими вдоль канала.
В настоящее время в городе развито машиностроение, нефтепереработка, пищевая, текстильная, швейная, фармацевтическая, полиграфическая промышленность, однако основу экономики составляет Панамский канал.