Через год Козельский был назначен преподавателем немецкого языка в университетской гимназии, на этой должности оставался до января 1756 года. С 1755 года — репетитор по немецкому и латинскому языкам и математике у племянника прокурора Коммерц-коллегии Н. Самарина. В мае 1757 года подал челобитную об освобождении его из Академии наук и поступил на военную службу. При содействии Самарина зачислен гренадером в Преображенский полк. Дослужился до чина инженера-капитана артиллерии (1764).
Оставив военную службу, в 1766 году перешёл на службу в Сенат, где получил возможность детально ознакомиться с реалиями государственного и политической жизни Российской империи.
Начиная с начала 1760-х годов Я. П. Козельский преподавал математику и механику в Артиллерийском и инженерном благородном корпусе. В 1764 году вышли первые опубликованные учебники Я. П. Козельского — «Арифметические предложения» и «Механические предложения». Одновременно с педагогической деятельностью, он начинает работать над переводами с французского и немецкого языков книг по европейской политической истории, что отразилось на формировании его политических взглядов.
Демократические взгляды Козельского стали причиной его увольнения из сената в 1770 году и переводом на службу в Малороссийскую коллегию в Глухове. Занимал полковничью должность в Коллегии.
В 1773 году Я. Козельский получил в пожизненное владение с. Крутой Берег, Петровка и хутор Вязовцы Городиской сотни Лубенского полка с 60 дворами. По ревизии 1782 года, имел 793 души обоего пола. В 1784 году получил подтверждающую грамоту на дворянство.
В 1786 году Я. Козельский вновь приезжает в российскую столицу, где переиздал «Механические предложения», однако осенью 1778 года из-за обострения болезни вышел в отставку в чине статского советника и поселился в своих имениях.
Здесь он изучал естественные науки, следствием чего стало произведение «Рассуждения двух индийцев Калана и Ибрагима о человеческом познании» (СПб., 1788), в которой обобщил собранные им данные различных наук, изложенные в форме диалога.
В 1791 году Я. Козельский — инспектор в гимназии для чужеземных единоверцев, открытой при Санкт-Петербургском артиллерийском инженерном шляхетском корпусе, в которой учились дети из греческих семей, которые перешли на сторону России во время Русско-турецкой войны 1787—1791 годов.
В июле 1793 года по состоянию здоровья окончательно уволился со службы и уехал из столицы в свои владения, где оставался до конца жизни. Точная дата смерти философа не известна.
Имел сына Евграфа Козельского и дочь Екатерину.
Творчество и философские взгляды
Кроме научной работы, литературного творчества, перевёл и издал на русском языке трагедию английского драматурга XVII века Томаса Отуэя «Venice preserved»: Возмущение против Венеции : Трагедия, сочиненная господином Оттваем (СПб., 1764).
С марта 1768 г. — участник «Собрания, стараюшегося о переводе иностранных книг», для которого перевёл избранные статьи из «Еnсусlореdiе, оu Dісtіоnаіrе гаіsonnе des sсіеnсеs, des arts et des metiers» (рус. «Энциклопедия, или Толковый словарь наук, искусств и ремесел»), опубликовав их в двух томах в 1770 г. Среди них — «Диалектика», «Логика», «Мораль», «Нравоучение», «Политика», «Философия» и др.
В 1764—1766 перевел 6 крупных произведений, четыре из которых — исторические. Причина такой направленности заключается в том, что
«чтение истории приносит людям пользу: она вместо сухих и скучных философских правил исправляет нам разум и уступки живыми и в натуре происходящими примерами»
Благодаря Козельскому читатель познакомился с двухтомной «Датской историей» скандинавского просветителя Л. Хольберга, с книгой «Государь и министр» немецкого историка, сторонника просвещенного абсолютизма К.-Ф. Мозера, «Историей славных государей и великих генералов, с рассуждениями о их поступках и делах, собранные И. Шоффиным. Из сочинений Роллена, Кревнера и других», ч. 1-2 (СПб., 1765), где противопоставляются мудрые законодатели и монархи-поработители, и, наконец, с «Историей о переменах, происходящих в Швеции в рассуждении веры и правления», ч. 1 — 2 (СПб., 1764-65) французского историка Г. А. Верта д’Обера.
Я. Козельский сопровождал переводы собственными предисловиями и примечаниями. По его мнению, все беды и несчастья порождены желанием одних людей подчинить своей воле других. Отсюда все насилия и войны, призывал монархов воздерживаться от захватнических войн, которые ничего, кроме горя, не приносят народам. Козельский развенчивал общественное неравенство и говорил о том, что каждый человек должен работать и пользоваться всеми благами жизни. Поэтому, он протестовал против праздности, неумеренности и других излишеств. По поводу политического устройства писал, что «единоличие», кроме как на войне, «весьма бесполезно». Один человек не может неограниченно управлять тысячами, она должна советоваться со «своими товарищами и помощниками».
Среди оригинальных произведений Я. Козельского заметное место принадлежит «Философических предложениям» (1768). Эта работа была написана менее чем за год, когда Козельский работал секретарем 3-го депутатского Сената, куда он поступил 1768 г. Книга состоит из введения и двух основных разделов: теории философии (логики и метафизики) и практической, или морально-назидательной (юриспруденции и политики). В этом произведении Козельский обращался прежде всего к вопросу «прямой добродетели». По его мнению, она заключается в том, чтобы ради благосостояния людей учить их («Просвещение их разум»). Автор высказал оригинальную позицию:
Выполировать народ иначе нельзя, как чрез облегчение его трудностей
. Тем самым Козельский противопоставил общепринятой для просветителей лозунгу «Путь к свободе лежит через просвещение!» диаметрально противоположное: «Свобода — путь к просвещению!». Главную задачу философии Козельский усматривал в нахождении «правил», которые ведут к благосостоянию человеческого существа. Требовал правового ограничения произвола государственной власти. Равенство и бесправие перед лицом абсолютного монарха стремился заменить равенством перед законом. В этом заключалась суть теории общественного договора. Козельский опирался на французских философов Монтескьё, Ж.-Ж. Руссо, К.-А. Гельвеция, Вольтера и показал себя не только знатоком современной ему западно-европейской просветительской литературы, но и глубоким мыслителем с собственной позицией.
Логику Козельской считал частью философии и называл её «наукой ума». Логика делилась им на две части:
правила о трёх силах человеческой души (чувство, рассуждение, или суждение и умствование);
правила употребления этих сил при отыскании истины.
Познание, говорил он, начинается с чувственного восприятия, возникающего под воздействием материального предмета на органы чувств.
«Чувствие или понятие какой вещи есть представление её в мысли нашей: например посредством видения отличаем мы камень от дерева, и такое отличие называется понятие». Вещь мы познаём только через чувства. Это видно из того, что зажавши глаза не видим, зажавши уши не слышим, а только воображаем виденное или слышанное.
Понятием Козельский называл представление вещи в нашей мысли. Все понятия делились им на ясные и тёмные, явственные и неявственные, полные и неполные, а также на единственные, особенные и общие.
Суждение определялось Козельским как «совокупление или разделение понятий», умозаключение — как вывод третьего предложения из двух предыдущих.
Карпеев Э. П. Козельский Яков Павлович / В. К. Шуйский // Три века Санкт-Петербурга : энциклопедия : в 3 т. / руководитель проекта С. И. Богданов; исп. руководитель проекта Б. В. Ерохин; отв. ред. П. Е. Бухаркин. — 2-е изд., испр. — СПб. : Филологический факультет СПбГУ ; М. : Академия, 2003. — Т. 1 : Осьмнадцатое столетие, кн. 1 : А — М. — С. 470–471. — 668, [2] с., [12] л. ил. : ил., портр., цв. ил., планы, карты. — ISBN 5-8465-0052-8. — ISBN 5-8465-0146-X.