Расположена на юго-востоке района, в 34 км к юго-востоку от Железногорска на левом берегу реки Усожи. Высота над уровнем моря — 185 м[3]. В 1,3 км к северу от деревни проходит автомобильная дорога Дмитриев — Фатеж. В 1,5 км к востоку от Клюшниково проходит граница между Железногорским и Фатежским районами. Ближайшие населённые пункты — деревни Верхнее Жданово и Калиновка, хутор Заречье.
История
Деревня Клюшниково возникла в начале XVII века и получила название от фамилии основателя — служилого человека Ключникова, который первым получил здесь поместье. Наиболее раннее упоминание деревни содержится в отказной книге 1631 года: 13 декабря 7140 года (1631 года) Терентию Васильеву сыну Гранкину и Якову Гаврилову сыну Брехову отказано (пожаловано) поместье Мирона Ключникова в деревне Ключниковой Усожского станаКурского уезда[4].
На плане генерального межевания Фатежского уезда 1785 года обозначена как часть деревни Жданово — «Клюшникова, Плотникова тож».
В XIX веке часть крестьян деревни были казёнными (однодворцы), часть — владельческими (принадлежали помещикам). К моменту отмены крепостного права в 1861 году местными крестьянами владели: жена коллежского регистратора Елизавета Маслова (14 душ мужского пола), майор Иван Кишкин (45 д.м.п.) и Константин Ключников (5 д.м.п.)[5]. Вероятно, от фамилии помещиков Ключниковых и произошло название деревни. В 1861—1924 годах деревня входила в состав Дмитриевской волостиФатежского уездаКурской губернии. В 1862 году в Клюшниково было 34 двора, проживало 417 человек (207 мужского пола и 207 женского)[6]. Население деревни было приписано к приходу Рождественского храма соседнего села Шахово[7]. На карте Шуберта 1869 года Клюшниково обозначено вторым названием — Плотникова[8]. По состоянию на 1883 год деревня состояла из 2-х общин, здесь проживало 405 человек[9].
В 1887 году крестьяне деревни, работая в поместье помещика Кишкина, обнаружили остатки глиняной посуды и несколько полустертых монет. Надеясь найти более ценные вещи, селяне разрыли землю вокруг находки и обнаружили три деревянные окаменевшие «колоды» с останками древних воинов. В захоронении лежали железные дротики, наконечники стрел, металлические части колчанов, монеты, кинжалы и глиняная посуда. По мнению фатежского исправника Юркевича, в выдолбленных гробах лежали останки славянских воинов-женщин. Украшения на кожаной одежде, характер причесок, строение костей, размер оружия однозначно говорили о найденном женском захоронении. Возможно, обнаруженные останки являются погребением сарматских женщин-воинов[10].
В 1900 году в Клюшниково проживало 442 человека (225 мужского пола и 217 женского)[11], а в 1905 году — 407 (213 мужского пола и 194 женского)[12].
В советское время деревня вместе с остальными населёнными пунктами Нижнеждановского сельсовета входила в состав Фатежского района. В 1937 году в Клюшниково было 35 дворов[13]. Во время Великой Отечественной войны, с октября 1941 года по февраль 1943 года, находилась в зоне немецко-фашистской оккупации. В декабре 1991 года деревня вместе с Нижнеждановским сельсоветом была передана в состав Железногорского района[14]. В 2017 году, с упразднением Нижнеждановского сельсовета, была передана в Линецкий сельсовет.