Для приготовления кесадильи тортилья складывается пополам, наполняется сыром и обжаривается на жару либо во фритюре до полного расплавления сыра. Традиционно в кесадилье в качестве начинки используется только сыр. Также возможно добавление в начинку мяса, чоризо, овощей, грибов, картофеля и прочих ингредиентов. В качестве распространённого гарнира к блюду могут подаваться овощной салат, гуакамоле, перец чили, кориандр и сальса.
Существует вариант кесадильи, в котором используются две тортильи, между которыми находится начинка, наподобие сэндвича. Блюдо подаётся разрезанным на ломтики и носит название «синкронисада» (исп.sincronizada).
Главное отличие от похожих блюд — буррито, чимичанга, энчилада — заключается в том, что тортилью складывают пополам, а не заворачивают в неё начинку.
В США, преимущественно в южных штатах, где кесадилья особенно популярна, существует огромное количество нетипичных для Мексики видов кесадильи: тортильи изготавливаются из чёрного теста, в качестве начинки используются морепродукты, добавляется козий сыр.
Кесадильи были изменены под разные события. В Мехико кесадилья может не содержать сыр вообще[1]. В Соединённых Штатах многие рестораны подают их в качестве закусок с добавлением собственной изюминки[2]. Некоторые вариации используют козий сыр, чёрную фасоль, шпинат, цукини или тофу[3]. Вариация, сочетающая ингредиенты и технику приготовления кесадильи с начинкой для пиццы, была описана как «пиццадилла»[4][5].
Существуют даже десертные кесадильи, изготовляемые с использованием таких ингредиентов, как шоколад, ириски, карамель и различные фрукты[6].
На завтрак также готовят кесадильи, используя такие ингредиенты, как яйца, сыр и бекон.