Благодаря ходатайству брата Имре Запольяи в 1461 стал епископом Трансильвании. Утверждение его в епископстве Папой римским Пием II состоялось в 1462 году.
В 1467 году поддержал брата Имре Запольяи, который был в числе лидеров значительной части семиградских феодалов, выступивших против Матьяша I. Непосредственое участие и роль Миклоша в мятеже в Трансильвании не известны, но после его смерти король приказал епископу Альбы Юлию снести замок, принадлежавший епископу Миклошу Запольяи, чтобы свести к минимуму влияние епископской власти.
