В настоящее время LIRR состоит из одиннадцати пассажирских линий:
Атлантик — начинается с Атлантического терминала в центре Бруклина и идёт на восток к станции Джамейка, где соединяется с основной линией, а затем идёт на юго-восток, где соединяется с линией Монток у станции Валли-Стрим[англ.].
22 ноября 1950 года на Long Island Rail Road в районе Ричмонд-Хилл произошло столкновение двух пригородных поездов, 79 человек погибло и ещё несколько сотен было ранено.
8 октября 2016 года поезд LIRR сошел с рельсов в городе Нью Гайд Парк, расположенном в 22 км от Нью-Йорка. В результате этого пострадали до 100 человек, передает NBC со ссылкой на данные полиции. По данным CBS, на борту поезда всего находилось 600 пассажиров.