Команда была основана 14 мая1966 года, путём слияния двух любительских клубов «Унион Бельявиста» и «Портуарио Атакама». В «Примере» клуб дебютировал в 1969 году[1], и провёл в ней по состоянию на 2012 год, 31 сезон. Домашние матчи клуб проводит на стадионе «Рехиональ де Антофагаста», вмещающем 26 339 зрителей. Лучшим результатом клуба в чилийской «Примере» является 5-е место в 1978 году. В Кубках Чили «Депортес Антофагаста» до финала ни разу не добирался, но трижды (в 1992, 1994 и 1996 годах) выходил в полуфинал.
