Команда была основана 9 декабря1955 года, на основе любительской команды, существовавшей до этого в Ла-Серене. Свой первый официальный матч команда сыграла вничью 0:0 с клубом «Унион Ла-Калера». В 1958 году клуб дебютировал в высшем дивизионе чемпионата Чили, и добился в том сезоне своего лучшего результата в истории участия в чемпионатах Чили, заняв третье место. На следующий год «Депортес Ла-Серена» дошёл до финала Кубка Чили, а ещё через год им удалось победить в нём. В дальнейшем клуб не добивался больших успехов, неоднократно вылетая и вновь возвращаясь в «Примеру».