С началом Великой Отечественной войны Гафаров был призван на фронт. Проходил службу в рядах 51-й армии. С 1941 по 1942 год являлся политруком роты Первого фронтового полка 51-й армии Кавказского фронта. С 1942 по 1944 год — преподавал историю КПСС в Урюпинском военном пехотном училище. В сентябре 1944 года был демобилизован по болезни.
После окончания войны находился за пределами Крыма, поэтому был одним из немногих крымских татар, которым удалось избежать депортации. С декабря 1947 по март 1951 года учился в аспирантуре Института языкознания Академии наук СССР, где изучал крымскотатарский язык и защитил диссертацию. В 1951 году Гафарову присвоена степень кандидата филологических наук за диссертацию по теме «Система спряжения гагаузского языка» — языка одного из малых тюркских народов СССР.
Во второй половины 1950-х годов начал участвовать в крымскотатарском национальном движении. Гафаров был в числе первых подписантов обращения в высшие органы советской власти о положении крымских татар. Подпись Гафаров была оставлена на коллективных письмах второй половины 1950-х на имя первого секретаря ЦК КПСС Никиты Хрущева, секретаря ЦК КПСС Дмитрия Шепилова и в «Обращении крымскотатарских военнослужащих».
Асретли сатырлар : хатырлавлар джыйынтыгъы : (Басыр Гъафарович Гъафаров 1907—1991) / баш муаррир Э. Умеров; тертип эткен Ф. Зиядинов. — Симферополь : Оджакъ, 2002. — 54 с : портр.
Басыр Гъафаров // Керич ярымадасындаки базы белли инсанлар. — Акъмесджит, 2006. — С. 19.
Жизнь для народа : [к 100- летию со дня рождения Басыра Гафарова// Авдет. — 2007. — 29 янв. — С. 12. : фото.
Литература нашего народа для нас — золотой источник : (из писем Басыра Гафарова к А. Бариеву)// Голос Крыма. — 2003. — 8 авг.
Юкъарыкъаралезли, С. Тильшынас алим Басыр Гъафаровнынъ 100-йыллыгъы мунасебетинен / С. Юкъарыкъаралезли // Къырым. — 2007. — Янв. 31. — С. 5. : фото.
Жизнь для народа: [об ученом-языковеде, активном участнике нац. движения Басыре Гафарове (К 100 летию со дня рождения)] // Авдет. — 2007. — 29 янв. — C. 12.: фото.
Мидатов, Л. В библиотеке им. И. Гаспринского чтили память Басыра Гафарова // Авдет. — 2002. — 25 февр. — С. 4.: фото.