Первый вокзал в Мюнстере был открыт 25 мая1848 года, как конечная станция железнодорожной ветки Хамм-Мюнстер. В Хаме эта ветка пристыковывалась к участку Кёльн-Минден. Располагался этот вокзал между современными улицами Albersloherweg и Wolbeckerstraße. В то время пассажирооборот вокзала составлял всего 100 человек в сутки.
В 1855 году из Падерборна в Мюнстер была переведена главная контора Вестфальской железнодорожной компании. В 1856 году был сдан в эксплуатацию железнодорожный участок Мюнстер-Райне, что послужило соединению Вестфальских и Ганноверских железных дорог. В 1870 году было открыто сообщение на участке Мюнстер-Оснабрюк, что позволило Мюнстеру получить прямую связь с Бременом и Гамбургом.
После национализации частных железнодорожных компаний и объединения их в единую сеть железных дорог Пруссии было принято решение о строительстве нового вокзала, на что в 1885 году были выделены средства, а открытие состоялось 1 октября1890 года. Железнодорожная сеть Мюнстера продолжала развиваться как до, так и после первой мировой войны, так в 1903 году было открыто движение до Беккума, в 1908 — до Косфельда, в 1928 — до Люнена, а в 1930 году была построена объездная дорога вокруг города. Кроме того, к проходившему в 1930 году католическому съезду был проведен капитальный ремонт вокзала и добавлена одна платформа.
В ходе второй мировой войныбританскими ВВС было выполнено 102 воздушных налета на мюнстерский вокзал и прилегающую местность. В результате бомбардировок было разрушено 75-80 % рельсовых путей, а здание вокзала было разрушено полностью.
2 апреля1945 года в Мюнстер вступили войска союзников, которые сразу же приступили к восстановлению рельсовых путей в направлении Оснабрюка. Так как от крытого перрона остался лишь стальной каркас, а платформы, лестницы и туннели были разрушены, то немедленно были начаты работы по их восстановлению, для получения возможности возобновить пассажирские перевозки. В 1949 году была построена грузовая платформа.
К строительству нового здания вокзала приступили только в 1950 году, зал ожидания был открыт в 1958 году, а полностью вокзал был открыт спустя два года. Автором проекта нового вокзала выступил уроженец Мюнстера главный архитектор Немецкой федеральной железной дороги Теодор Дирксмайер. Электрификация железной дороги в Мюнстере была осуществлена в 1968 году.
Учитывая значимость для Мюнстера велосипеда, как транспорта, в 1999 году при вокзале была построена станция проката и хранения велосипедов.
23 марта2011 года было принято решение о сносе сущестыующего вокзального здания и строительстве нового. Ожидается, что работы начнутся в 2013 году[3]. Новое, стеклянное здание вокзала, окончание которого запланировано на 2015 (самое позднее 2016) год, оценивается в 32 млн. евро.