Профессиональная карьера Джанпаоло началась в 1998 году. Будучи воспитанником академии клуба, куда он пришёл за год до того как был переведён в первую команду «Аталанты». Постепенно его стали подключать к играм за основной состав. Обладая хорошими качествами для защитника и имея потенциал, Беллини сумел закрепиться в составе. Первые сезоны Джанпаоло периодически появлялся в стартовом составе, а уже в начале 2000-х стал одним из основных оборонительных редутов команды.
