Афонсу родился в семье Жуана IV и Луизы де Гусман. В возрасте трех лет, Альфонс VI перенес тяжелое заболевание центральной нервной системы, парализовавшее левую сторону его тела, и оставившее его на всю жизнь психически неуравновешенным. В 1653 Афонсу стал наследником престола после смерти своего старшего брата Теодосио.
На момент смерти отца ему было 14 лет. Регентство было поручено королеве-матери, женщине умной и решительной; даже после достижения королём совершеннолетия она продолжала править.
С детства Афонсу ничем не занимался, плохо учился, не слушался учителей — этому он предпочитал общество уличных мальчишек и участвовал во всех забавах. Став королём, он продолжал прежний образ жизни: разъезжал по городу с молодыми людьми и пьянствовал в кабачках.
Правление
Поведение молодого короля, не желавшего заниматься государственными делами, вызывало негодование не только простых людей, но и придворных. Фаворит Афонсу, итальянский торговец Антонио Конти, приобрел на него большое влияние и настраивал короля против матери. Видя это, королева стала возвышать своего младшего сына Педру (будущего короля Педру II).
В 1662 году во время государственного совета верные королеве вельможи арестовали Афонсу, Конти и других любимцев короля. Но переворот не имел успеха. Афонсу бежал в Алькантеру и начал борьбу против матери. Большинство вельмож и армия перешли на сторону короля. Королева Луиза была вынуждена удалиться в монастырь. Дела правления перешли в руки графа Кастелло Мельора[англ.], человека умного и ловкого.
Недовольство правлением Афонсу возрастало. За короткое время вокруг младшего брата короля, Педру, сложилась сильная партия, пользовавшаяся поддержкой народа. Вскоре к ним примкнула и королева Мария Франциска, рассорившаяся с мужем.
1 октября 1667 года Педру со своими сторонниками захватил дворец и потребовал, чтобы Афонсу удалил от управления своих фаворитов. Народ, окруживший дворец, требовал того же. Король был вынужден согласиться.
В ноябре 1667 года его принудили отказаться от фактической власти, хотя до конца жизни Афонсу VI формально титуловался королём. Кортесы провозгласили Педру принцем-регентом. Мария-Франциска добилась развода с Афонсу и вышла замуж за Педру II.
Последние годы
Сначала Афонсу держали под стражей во дворце, потом сослали на Терсейру (Азорские острова), а через несколько лет позволили вернуться в Португалию и поселиться в королевском дворце в Синтре. Король прибыл в Лиссабон 14 сентября 1674 года и был доставлен во дворец Синтра. В течение девяти лет он жил там, запертый в своих покоях со слугами, которым доверял герцог Кадаваль. В начале 1683 года ему сделали кровопускание, а утром 12 сентября король перенес апоплексический удар, потерял дар речи и вскоре умер. Он похоронен в Пантеоне Браганса в Лиссабоне.
Большая Российская энциклопедия: В 30 т./ Председатель Науч.-ред. совета Ю. Осипов. Отв. ред. С. Л. Кравец. Т.4. — М.:Большая Российская энциклопедия, 2006. -с.119