Вступил в Красную Армию в начале 1918 года, служил в Курском революционном полку. В январе 1919 года окончил трехмесячные курсы военных комиссаров. Участвовал в боевых действиях на фронтах Гражданской войны. Был чрезвычайным уполномоченным по снабжению войск Екатеринославского участка, заместителем председателя Одесскоговоенного трибунала, уполномоченным Реввоенсовета 3-й Украинской армии, комиссаром 30-го стрелкового полка, начальником Бобринского боевого участка. Был ранен. С июля 1920 года в составе сводной курсантской дивизии воевал против армии генерала П. Н. Врангеля, будучи комиссаром отряда, политруком роты, комиссаром батальона.
С мая 1921 года был помощником комиссара 14-х Полтавских пехотных курсов комсостава, с октября 1921 по январь 1922 — комиссаром 68-х Полтавских пехотных курсов. Окончил Высшую военно-педагогическую школу в Москве в 1923 году. С сентября 1923 — военный комиссар Киевской пехотной школы командного состава. С декабря 1928 — помощник командира 14-го стрелкового корпуса по политчасти в Украинском военном округе. Одновременно с 1930 по 1934 годы был членом ЦКК КП(б)У. В январе 1931 года был назначен на должность заместителя начальника, а в апреле 1934 года — на должность начальника Политического управления Украинского военного округа.
26 января—10 февраля 1934 года делегат XVII съезда ВКП(б)[4].
19 июня 1937 года армейский комиссар 2-го ранга Михаил Петрович Амелин был арестован в связи с показаниями заместителя председателя СНК УССРИльи Шелехеса.
В ходе следствия Амелин «признал себя виновным» и назвал как «участников заговора» 63 человека. Внесен в Сталинский расстрельный список от 25.08.1937 г. (особый отдел Киевского ВО) по 1-й категории. 8 сентября 1937 года по приговору выездной сессии ВКВС СССР в г. Киеве М. П. Амелин был приговорён к смертной казни и в ночь на 9 сентября 1937 г. расстрелян в числе 47 осужденных. Место захоронения — спецобъект НКВД УкрССР "Быковня". 18 апреля 1956 года был реабилитирован посмертно ВКВС СССР.
Черушев Н. С., Черушев Ю. Н. Расстрелянная элита РККА (командармы 1-го и 2-го рангов, комкоры, комдивы и им равные): 1937—1941. Биографический словарь. — М.: Кучково поле; Мегаполис, 2012. — С. 39—40. — 2000 экз. — ISBN 978-5-9950-0217-8.
Френкель Н. Армейский комиссар 2 ранга М. П. Амелин. // «Военно-исторический журнал». — 1967. — № 7. — С.117—119.