Микель Алонсо начал футбольную карьеру в молодёжных рядах команды «Реал Сосьедад», как и его младший брат Хаби Алонсо. Дебютировал в Чемпионате Испании 22 апреля 2001 года. Тем не менее, присутствие его родного брата и Микеля Аранбуру в центре полузащиты означало, что он был ограничен вспомогательной ролью и был направлен в команду «Нумансия» на правах аренды[1].
После того как его брат Хаби перешёл в «Ливерпуль», Алонсо также решил перейти в Премьер-лигу и присоединился к команде «Болтон Уондерерс» на правах аренды 10 июля 2007 года с возможностью заключения постоянного контракта в конце сезона. Однако при новом тренере Гэри Мегсоне, после того как менеджер Сэмми Ли был уволен, Микель только дважды появлялся на поле[1].
«Тенерифе»
После ухода из «Реал Сосьедад» тренер «Суонси Сити» Роберто Мартинес предложил Алонсо шанс восстановить физическую форму. Он принял предложение и присоединился к команде на тренировках.
Тем не менее, Алонсо не стал оставаться в Уэльсе и в конце января 2009 года перешёл в «Тенерифе»[1].
В чемпионате 2009/10 Алонсо начал играть в качестве игрока основного состава, забив гол во втором туре в поединке против «Атлетик Бильбао».