Клепиковский район в рамках административно-территориального устройства включает 1 город районного значения, 1 посёлок городского типа и 10 сельских округов[1][2].
В рамках организации местного самоуправления, муниципальный район делится на 12 муниципальных образований, в том числе 2 городских и 10 сельских поселений[3]:
Город и посёлок городского типа с подчинёнными населёнными пунктами соответствуют городским поселениям, сельский округ — сельскому поселению.
В результате муниципальной реформы к 2006 году на территории 23 сельских округов было образовано 13 сельских поселений.
В 2017 году были упразднены сельские поселения: Тюковское (включено в Болоньское сельское поселение), Макеевское (включено в Екшурское сельское поселение), Малаховское (включено в Колесниковское сельское поселение)[6].