Авиакомпания была основана в октябре 2000 года и получила сертификат эксплуатанта в том же году, однако операционную деятельность начала только в 6 февраля 2003 года в связи с нестабильной политической ситуацией в стране[3]. Первоначально перевозки осуществлялись на единственном самолёте Dornier Do 228, второй лайнер поступил в распоряжение компании в апреле 2003 года[4].
В августе 2014 года Управление гражданской авиации Непала запретило Sita Air пассажирские перевозки в связи с несоответствием текущего обеспечения безопасности в авиакомпании международным стандартам[5]. Лицензия на грузовые перевозки у компании отозвана не была[6].
К 2016 году запрет на пассажирскую авиационную деятельность был снят, а пассажиропоток авиакомпании за этот год составил 19 328 пассажиров[7]. В том же году авиакомпания была продана Agrawal Group[8].
В 2017 году Sita Air приобрела ещё два самолёта Dornier 228[9].
Маршрутная сеть
По состоянию на август 2021 года маршрутная сеть перевозок авиакомпании Sita Air охватывала следующие пункты назначения[10]:
28 сентября 2012 года cамолёт Dornier Do 228 (регистрационный 9N-AHA), выполнявший чартерный рейс 601 из Катманду в Луклу, разбился сразу после взлёта из международного аэропорта Трибхуван. На борту находились 16 пассажиров и 3 члена экипажа, все погибли[12][13][14]. Государственная комиссия, расследовавшая причины крушения, пришла к выводу о фатальном столкновении лайнера со стаей птиц.