Вирусы Orthornavirae принадлежат к реалмуRiboviria. Они произошли от общего предка, который мог быть невирусной молекулой, кодирующей обратную транскриптазу вместо RdRp для репликации. Царство подразделяется на пять типов, которые разделяют вирусы-члены на основе их типа генома, диапазона хозяев и генетического сходства. Включаются вирусы с тремя типами генома: РНК-вирусы с положительной цепью, РНК-вирусы с отрицательной цепью и двухцепочечные РНК-вирусы .
Многие из наиболее широко известных вирусных заболеваний вызываются РНК-вирусами в королевстве, включая коронавирусы, вирус Эбола, вирусы гриппа, вирус кори и вирус бешенства. Первый обнаруженный вирус, вирус табачной мозаики, относится к королевству. В современной истории РНК-вирусы, кодирующие RdRp, вызывали многочисленные вспышки болезней и поражали многие экономически важные сельскохозяйственные культуры. Большинство эукариотических вирусов, включая большинство вирусов человека, животных и растений, представляют собой РНК-вирусы, кодирующие RdRp. Напротив, в королевстве относительно мало прокариотических вирусов.
Первая часть Orthornavirae происходит от греческого ὀρθός [orthós], что означает «прямой», средняя часть, rna, относится к РНК, а -virae — это суффикс, используемый для царств вирусов[2].
Характеристика
Структура
РНК-вирусы Orthornavirae обычно не кодируют множество белков. Большинство одноцепочечных (+ssRNA) вирусов с положительным смыслом и некоторые двухцепочечные РНК-вирусы (dsRNA) кодируют основной белок капсида, который имеет одиночную желеобразную укладку, так называемую потому что складчатая структура белка содержит структуру, напоминающую рулет из желе[3]. Многие также обладают оболочкой из липидной мембраны, которая обычно окружает капсид. В частности, вирусная оболочка почти универсальна среди одноцепочечных (-ssRNA) вирусов с отрицательным смыслом[4][5].
Геном
Вирусы Orthornavirae имеют три различных типа геномов: dsRNA, +ssRNA и -ssRNA. Одноцепочечные РНК-вирусы имеют либо положительную, либо отрицательную смысловую цепь, а вирусы dsRNA имеют обе. Эта структура генома важна с точки зрения транскрипции для синтеза вирусной мРНК, а также репликации генома, которые осуществляются вирусным ферментом РНК-зависимой РНК-полимеразой (RdRp), также называемой РНК-репликазой[2][3].
Репликация и транскрипция
РНК-вирусы с положительной цепью
РНК-вирусы с положительной цепью имеют геномы, которые могут функционировать как мРНК, поэтому транскрипция не требуется. Однако +ssRNA будут продуцировать формы dsRNA как часть процесса репликации их геномов. Из dsRNA синтезируются дополнительные положительные цепи, которые можно использовать в качестве мРНК или геномов для потомства. Поскольку вирусы +ssRNA создают промежуточные формы dsRNA, им приходится избегать иммунной системы хозяина, чтобы размножаться. Вирусы +ssRNA достигают этого путем репликации в ассоциированных с мембраной везикулах, которые используются в качестве фабрик репликации[6]. Для многих вирусов +ssRNA субгеномные части генома будут транскрибироваться для трансляции определённых белков, тогда как другие будут транскрибировать полипротеин, который расщепляется с образованием отдельных белков[7][8].
РНК-вирусы с отрицательной цепью
РНК-вирусы с отрицательной цепью имеют геномы, которые функционируют как матрицы, из которых мРНК может быть синтезирована непосредственно с помощью RdRp[9]. Репликация — это тот же процесс, но выполняемый на антигеноме положительного смысла, во время которого RdRp игнорирует все сигналы транскрипции, так что может быть синтезирован полный геном -ssRNA[10]. Вирусы -ssRNA различаются между вирусами, которые инициируют транскрипцию с помощью RdRp, создавая кэп на 5'-конце (обычно произносится как «5 прайм конец») генома, или отрывая кэп от мРНК хозяина и прикрепляя его к вирусу. РНК[11]. У многих вирусов -ssRNA в конце транскрипции RdRp «заикается» на урациле в геноме, синтезируя сотни аденинов подряд как часть создания полиаденилированного хвоста для мРНК[12]. Некоторые вирусы -ssRNA по существу амбисенсны и имеют белки, кодируемые как положительной, так и отрицательной цепью, поэтому мРНК синтезируется непосредственно из генома и из комплементарной цепи[13].
Двухцепочечные РНК-вирусы
Для вирусов dsRNA RdRp транскрибирует мРНК, используя отрицательную цепь в качестве матрицы. Положительные цепи также можно использовать в качестве матриц для синтеза отрицательных цепей для конструирования геномной dsRNA. dsRNA не является молекулой, продуцируемой клетками, поэтому клеточная жизнь выработала механизмы для обнаружения и инактивации вирусной dsRNA. Чтобы противостоять этому, вирусы dsRNA обычно сохраняют свои геномы внутри вирусного капсида, чтобы уклониться от иммунной системы хозяина[14].
Эволюция
РНК-вирусы Orthornavirae подвержены высокой частоте генетических мутаций, потому что RdRp склонен к ошибкам при репликации, поскольку в нём обычно отсутствуют механизмы корректуры для исправления ошибок[note 1]. На мутации РНК-вирусов часто влияют факторы хозяина, такие как дцРНК-зависимые аденозиндеаминазы, которые редактируют вирусные геномы, заменяя аденозины на инозины[15][16]. Мутации в генах, которые необходимы для репликации, приводят к уменьшению числа потомков, поэтому вирусные геномы обычно содержат высококонсервативные последовательности с относительно небольшим количеством мутаций[17].
Многие РНК-вирусы, кодирующие RdRp, также испытывают высокую скорость генетической рекомбинации, хотя скорость рекомбинации значительно различается: более низкая скорость у вирусов -ssRNA и более высокая скорость у вирусов dsRNA и +ssRNA. Существует два типа рекомбинации: рекомбинация выбора копии и реассортация. Рекомбинация выбора копии происходит, когда RdRp переключает матрицы во время синтеза, не высвобождая предшествующую, вновь созданную цепь РНК, которая генерирует геном смешанного происхождения. Реассортация, которая ограничена вирусами с сегментированными геномами, имеет сегменты из разных геномов, упакованные в один вирион или вирусную частицу, которая также производит гибридное потомство[15][18].
Для рекомбинации некоторые сегментированные вирусы упаковывают свои геномы в несколько вирионов, в результате чего геномы представляют собой случайные смеси родителей, тогда как для тех, которые упакованы в один вирион, обычно отдельные сегменты меняются местами. Обе формы рекомбинации могут возникать только в том случае, если в клетке присутствует более одного вируса, и чем больше аллелей присутствует, тем более вероятна рекомбинация. Ключевое различие между рекомбинацией выбора копии и реассортацией состоит в том, что рекомбинация выбора копии может происходить в любом месте генома, тогда как реассортация меняет местами полностью реплицированные сегменты. Следовательно, рекомбинация выбора копии может продуцировать нефункциональные вирусные белки, тогда как реассортация не может[15][18][19].
Скорость мутаций вируса связана со скоростью генетических рекомбинаций. Более высокие скорости мутаций увеличивают количество как полезных, так и неблагоприятных мутаций, тогда как более высокие скорости рекомбинации позволяют отделить полезные мутации от вредных. Следовательно, более высокие скорости мутаций и рекомбинаций до определённого момента улучшают способность вирусов к адаптации[15][20]. Известные примеры этого включают рекомбинацию, которая способствует межвидовой передаче вирусов гриппа, что привело к многочисленным пандемиям, а также появление штаммов гриппа с лекарственной устойчивостью через мутации, которые были реассортированы[21].
Филогенетика
Точное происхождение Orthornavirae точно не установлено, но вирусный RdRp демонстрирует связь с ферментами обратной транскриптазы (RT) интронов группы II, которые кодируют RT и ретротранспозоны, последние из которых представляют собой самореплицирующиеся последовательности ДНК, которые интегрируются в другие частей одной и той же молекулы ДНК. Внутри королевства вирусы +ssRNA, вероятно, являются самой старой линией, вирусы dsRNA, по-видимому, неоднократно возникали из вирусов +ssRNA, а вирусы -ssRNA, в свою очередь, по-видимому, связаны с реовирусами, которые являются вирусами dsRNA[2][22].
Классификация
РНК-вирусы, кодирующие RdRp, отнесены к царству Orthornavirae, которое содержит пять типов и несколько таксонов, не отнесенных к типу из-за отсутствия информации. Пять типов разделены на основе типов генома, диапазонов хозяев и генетического сходства вирусов-членов[2][23].
Тип: Duplornaviricota, который содержит вирусы dsRNA, инфицирующие прокариоты и эукариоты, которые не кластеризуются с членами Pisuviricota и которые кодируют капсид, состоящий из 60 гомо- или гетеродимеров капсидных белков, организованных на решетке с псевдосимметрией T=2.
Тип: Kitrinoviricota, содержащий вирусы +ssRNA, инфицирующие эукариот и не группирующиеся с представителями Pisuviricota.
Тип: Lenarviricota, содержащий вирусы +ssRNA, инфицирующие прокариоты и эукариоты и не группирующиеся с представителями Kitrinoviricota.
Королевство состоит из трех групп в системе классификации Балтимора, которая объединяет вирусы на основе их способа синтеза мРНК и часто используется вместе со стандартной таксономией вирусов, основанной на истории эволюции. Эти три группы представляют собой группу III: вирусы dsRNA, группу IV: вирусы + ssRNA и группу V: вирусы -ssRNA[2][24].
Болезни
РНК-вирусы связаны с широким спектром заболеваний, включая многие из наиболее широко известных вирусных заболеваний. Известные болезнетворные вирусы Orthornavirae включают:[23]
Вирусы животных в Orthornavirae включают орбивирусы, которые вызывают различные заболевания у жвачных животных и лошадей, в том числе вирус катаральной лихорадки, вирусафриканской чумы лошадей, вирус энцефалеза лошадей и вирусэпизоотической геморрагической болезни[25]. Вирус везикулярного стоматита вызывает заболевание крупного рогатого скота, лошадей и свиней[26]. Летучие мыши являются переносчиками многих вирусов, включая эболавирусы и генипавирусы, которые также могут вызывать заболевания у людей[27]. Аналогично, вирусы членистоногих родов Flavivirus и Phlebovirus многочисленны и часто передаются человеку[28][29]. Коронавирусы и вирусы гриппа вызывают заболевания у различных позвоночных, включая летучих мышей, птиц и свиней[30][31].
Вирусы растений в королевстве многочисленны и поражают многие экономически важные культуры. По оценкам, вирус пятнистого увядания томатов ежегодно наносит ущерб на сумму более 1 миллиарда долларов США, поражая более 800 видов растений, включая хризантему, салат, арахис, перец и помидоры. Вирус мозаики огурца поражает более 1200 видов растений и также вызывает значительные потери урожая. Вирус Y картофеля вызывает значительное снижение урожайности и качества перца, картофеля, табака и томатов, а вирус оспы сливы является наиболее важным вирусом среди косточковых культур. Вирус мозаики костреца, хотя и не вызывает значительных экономических потерь, встречается на большей части мира и в основном поражает травы, в том числе злаки[32][33].
История
Заболевания, вызываемые РНК-содержащими вирусами Orthornavirae, были известны на протяжении большей части истории, но их причина была обнаружена только в наше время. В целом, РНК-вирусы были открыты в период крупных достижений в области молекулярной биологии, включая открытие мРНК как непосредственного носителя генетической информации для синтеза белка[34]. Вирус табачной мозаики был обнаружен в 1898 году и стал первым обнаруженным вирусом[35]. Вирусы в королевстве, которые передаются членистоногими, были ключевой мишенью в разработке средств борьбы с переносчиками, которые часто направлены на предотвращение вирусных инфекций[36]. В современной истории многочисленные вспышки заболеваний были вызваны РНК-вирусами, кодирующими RdRp, включая вспышки, вызванные коронавирусами, лихорадкой Эбола и гриппом[37].
Orthornavirae была создана в 2019 году как царство в реалме Riboviria, предназначенное для размещения всех РНК-вирусов, кодирующих RdRp. До 2019 года Riboviria была создана в 2018 году и включала только RdRp-кодирующие РНК-вирусы. В 2019 году Riboviria были расширены за счет включения вирусов с обратной транскрипцией, помещенных в царство Pararnavirae, поэтому Orthornavirae была создана для отделения РНК-вирусов, кодирующих RdRp, от вирусов с обратной транскрипцией[2][38].
↑Исключением является то, что некоторые представители отряда Nidovirales кодируют корректурную экзорибонуклеазную активность как часть белка, отличного от RdRp.
↑Исключая дельтавирусы, которые не кодируют RdRp и которые, следовательно, не включены в Orthornavirae.
↑Smith EC (2017-04-27). "The not-so-infinite malleability of RNA viruses: Viral and cellular determinants of RNA virus mutation rates". PLOS Pathog. 13 (4): e1006254. doi:10.1371/journal.ppat.1006254. PMID28448634.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
↑"Highly conserved regions of influenza a virus polymerase gene segments are critical for efficient viral RNA packaging". J Virol. 82 (5): 2295—2304. March 2008. doi:10.1128/JVI.02267-07. PMID18094182.
↑Virus Taxonomy: 2019 Release (неопр.). talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses. Дата обращения: 6 августа 2020. Архивировано 20 марта 2020 года.
↑"Milestones in the Research on Tobacco Mosaic Virus". Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 354 (1383): 521—529. 1999-03-29. doi:10.1098/rstb.1999.0403. PMID10212931.
↑"The Importance of Vector Control for the Control and Elimination of Vector-Borne Diseases". PLOS Negl Trop Dis. 14 (1): e0007831. 2020-01-16. doi:10.1371/journal.pntd.0007831. PMID31945061.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
Dharwad peda. Yalebis. Los dulces de la India o mithai son originarios del subcontinente indio y consisten en diferentes tipos de pastelitos cuya base es la leche, azúcar y harina. En general, los postres indios son muy ricos en azúcar y grasa y se necesita mucho tiempo para elaborarlos. Dentro de los postres más comunes se encuentran el kaju barfi, el gulab-yamun, el peda, y el yalebi. Los dulces suelen comerse como postre después de las comidas. Estos también se presentan en una gran v...
انتفاضة بوركينا فاسو 2014 التاريخ وسيط property غير متوفر. بداية 28 أكتوبر 2014 نهاية 3 نوفمبر 2014 البلد بوركينا فاسو الموقع واهيغويا، وواغادوغو، وبوبوديولاسو الخسائر القتلى 24 [1] الجرحى 625 [1] تعديل مصدري - تعديل كانت انتفاضة بوركينا فاسو 2014 عبارة...
German mathematician (1877–1938) For other people named Landau, see Landau (surname). This article needs additional citations for verification. Please help improve this article by adding citations to reliable sources. Unsourced material may be challenged and removed.Find sources: Edmund Landau – news · newspapers · books · scholar · JSTOR (July 2016) (Learn how and when to remove this template message) Edmund LandauBornEdmund Georg Hermann Landau(187...
Paulus Ludolf MelchersKardinal, Uskup Agung emeritus KolnGerejaKatolik RomaKeuskupan agungKolnAwal masa jabatan8 Januari 1866Masa jabatan berakhir3 Juli 1885PendahuluJohannes von GeisselPenerusPhilipp KrementzJabatan lainKardinal-Imam Santo Stefano al Monte CelioImamatTahbisan imam5 Juni 1841Tahbisan uskup20 April 1858Pelantikan kardinal27 Juli 1885oleh Leo XIIIPeringkatKardinal-ImamInformasi pribadiLahir(1813-01-06)6 Januari 1813Münster, JermanMeninggal14 Desember 1895(1895-12-14) (umur...
Role-playing game supplement City State of the Invincible OverlordPublishersJudges GuildPublication1976GenresRole-playingParent gamesDungeons & Dragons City State of the Invincible Overlord is a fantasy role-playing game supplement originally published by Judges Guild in 1976. It was the first published fantasy role-playing game city setting, designed for use with Dungeons & Dragons (D&D), and officially approved for use with D&D from 1976 through 1983. It was later republishe...
Not to be confused with Vitelline duct. UrachusVertical section of bladder, penis, and urethra. Urachus is seen at topUrachus is #1IdentifiersMeSHD014497Anatomical terminology[edit on Wikidata] The urachus is a fibrous remnant of the allantois, a canal that drains the urinary bladder of the fetus that joins and runs within the umbilical cord.[1] The fibrous remnant lies in the space of Retzius, between the transverse fascia anteriorly and the peritoneum posteriorly. Development Th...
1957 nuclear accident in the UK Windscale fireThe Windscale Piles (centre and right) in 1985Date10 October 1957LocationWindscale, Seascale, Cumbria, United Kingdom (now Sellafield)Coordinates54°25′27″N 3°29′54″W / 54.4243°N 3.4982°W / 54.4243; -3.4982OutcomeINES Level 5 (accident with wider consequences)DeathsEstimated 100 to 240 cancer fatalities in the long term[1][2][3]Non-fatal injuriesA maximum of 140 of the estimated 240 additi...
Gosong maluku Status konservasi Rentan Klasifikasi ilmiah Kerajaan: Animalia Filum: Chordata Kelas: Aves Ordo: Galliformes Famili: Megapodiidae Genus: EulipoaOgilvie-Grant, 1893 Spesies: E. wallacei Nama binomial Eulipoa wallacei(Gray, 1860) Gosong maluku yang dalam nama ilmiahnya Eulipoa wallacei adalah sejenis burung gosong berukuran kecil, dengan panjang sekitar 31 cm, dan merupakan satu-satunya spesies di dalam genus tunggal Eulipoa. Gosong maluku memiliki bulu berwarna cokelat ...
Association football match Football match2000 AFC Asian Cup FinalThe Camille Chamoun Sports City Stadium (pictured in 2018) hosted the finalEvent2000 AFC Asian Cup Japan Saudi Arabia 1 0 Date20 October 2000 (2000-10-20)VenueCamille Chamoun Sports City Stadium, BeirutMan of the MatchYoshikatsu Kawaguchi (Japan)[1]RefereeAli Bujsaim (United Arab Emirates)Attendance49,500[1]WeatherPartly cloudy21 °C (70 °F)68% humidity[2]← 1996 2004 →...
Philippine television show MagpakailanmanTitle card since 2023Also known asMPKGenreDramaPresented byMel TiangcoTheme music composer Wency Cornejo (2002–07; 2012–20; since 2022) Simon Tan and Senedy Que (2021–22) Opening theme Magpakailanman by Wency Cornejo (2002–07) Wency Cornejo and Kyla (2012–19) Golden Cañedo (2019–21)[1] Pusong Pinoy, Magpakailanman by Jeremiah Tiangco and Thea Astley (2021–22)[2] Magpakailanman by Wency Cornejo and Aicelle Santos (since 20...
Василь Васильович Порик Прізвисько укр. «Базиль», укр. «лейтенант Громовий» укр. «росіянин з Дрокура»Народження 17 лютого 1920(1920-02-17)Соломирка, Літинський повіт, Подільська губерніяСмерть 22 липня 1944(1944-07-22) (24 роки)Аррас, Райхкомісаріат Бельгії та Північної ФранціїКраїна ...
2023 mobile game 2023 video gamePikmin FinderDeveloper(s)NintendoNiantic[a]Publisher(s)NintendoSeriesPikminPlatform(s)iOS, AndroidReleaseWW: September 1, 2023Genre(s)Augmented realityMode(s)Single-player Pikmin Finder is a 2023 augmented reality browser-based mobile game in the Pikmin series, developed and published by Nintendo using Niantic's 8th Wall development platform. The game involves using the player's mobile camera to display Pikmin and command them to carry treasure back to ...
German singer (born 1981) This biography of a living person needs additional citations for verification. Please help by adding reliable sources. Contentious material about living persons that is unsourced or poorly sourced must be removed immediately from the article and its talk page, especially if potentially libelous.Find sources: Natalie Horler – news · newspapers · books · scholar · JSTOR (January 2022) (Learn how and when to remove this template ...
2008 film I Am Because We Arecover for the DVD to the filmDirected byNathan RissmanWritten byMadonnaProduced byMadonnaAngela BeckerNarrated byMadonnaCinematographyKevin BrownGrant JamesNathan RissmanMarc ShapJohn Martin WhiteEdited byDanny TullMusic byPatrick LeonardDistributed bySemtex FilmsRelease dates April 24, 2008 (2008-04-24) (Tribeca Film Festival) December 1, 2008 (2008-12-01) (United States) Running time90 minutesCountriesUnited KingdomUnited St...
Poem by Alfred Tennyson For the painting by John William Waterhouse, see Mariana in the South (1897). This article relies largely or entirely on a single source. Relevant discussion may be found on the talk page. Please help improve this article by introducing citations to additional sources.Find sources: Mariana in the South – news · newspapers · books · scholar · JSTOR (June 2022) Mariana in the Southby Alfred TennysonMariana in the South. Design by ...
Season for the Major League Baseball team the New York Yankees 1997 New York YankeesAmerican League Wild Card WinnersLeagueAmerican LeagueDivisionEastBallparkYankee StadiumCityNew York CityRecord96–66 (.593)Divisional place2ndOwnersGeorge SteinbrennerGeneral managersBob WatsonManagersJoe TorreTelevisionWPIX(Bobby Murcer, Rick Cerone)MSG(Ken Singleton, Jim Kaat, Al Trautwig, Suzyn Waldman)RadioWABC (AM)(John Sterling, Michael Kay) ← 1996 Seasons 1998 → The 1997 New...
British television channel Television channel Sky AtlanticLogo used since 2020CountryUnited KingdomBroadcast area United Kingdom Ireland ProgrammingLanguage(s)EnglishPicture format1080i HDTV(downscaled to 16:9 576i for the SDTV feed.)Timeshift serviceSky Atlantic +1OwnershipOwnerSky Group (Comcast)Sister channelsList of Sky UK channelsHistoryLaunched1 February 2011; 12 years ago (2011-02-01)LinksWebsitewww.sky.com/watch/channel/sky-atlanticAvailabilityStreaming mediaSky GoWa...
Reference model in computer science The RM-ODP view model, which provides five generic and complementary viewpoints on the system and its environment. Reference Model of Open Distributed Processing (RM-ODP) is a reference model in computer science, which provides a co-ordinating framework for the standardization of open distributed processing (ODP). It supports distribution, interworking, platform and technology independence, and portability, together with an enterprise architecture framework...
Category 4 South Pacific cyclone in 2007 This article is about the 2007 South Pacific tropical cyclone. For the 1992 storm of the same name, see Cyclone Daman (1992). Cyclone Daman Severe Tropical Cyclone Daman near peak intensityMeteorological historyFormedDecember 2, 2007 (2007-12-02)DissipatedDecember 10, 2007 (2007-12-10)Category 4 severe tropical cyclone10-minute sustained (FMS)Highest winds185 km/h (115 mph)Lowest pressure925 hPa (mbar);...