Dulunya dalam buku sejarah Jepun ditulis bahawa Keshogunan Kamakura dimulai sejak tahun 1192 ketika Minamoto no Yoritomo diangkat sebagai Seii Taishōgun, namun secara de facto Yoritomo sudah berkuasa dan memiliki lembaga pemerintahan sebelum 1192. Keshogunan Kamakura juga bukan pemerintahan tentera oleh kalangan samurai yang pertama di Jepun, kerana sebelumnya sudah diketahui pemerintahan suku Taira.
Pemerintahan atau jawatan shogun disebut "bakufu" (幕府code: ja is deprecated , secara harafiah, pemerintahan di tenda) atau "Kesyogunan". Sistem politik yang disebut keshogunan (bakufu) terus bertahan hingga Kesyogunan Muromachi (Muromachi Bakufu) dan Kesyogunan Edo (Edo Bakufu). Dalam kesusasteraan klasik Azuma Kagami, istilah bakufu hanya digunakan untuk rumah kediaman shogun, dan tidak digunakan untuk menyebut pemerintah pusat oleh kalangan tentera. Istilah "bakufu" untuk menyebut pemerintahan kalangan samurai pertama kali digunakan sejarawan di zaman Edo. Kalangan samurai biasanya menyebut pemerintahan Kamakura sebagai Kamakura-dono (Yang Dipertuan Kamakura).
Masa pembentukan
Di akhir zaman Heian sebenarnya sudah ada Pemerintahan suku Taira di bawah pimpinan Taira no Kiyomori namun tidak disukai rakyat dan ditentang banyak pihak. Perlawanan terhadap suku Taira dimulai sejak Persekongkolan Shishigatani dan secara resmi dipimpin putra mantan maharaja Go-Shirakawa, putera Mochihito yang langsung tewas dibunuh. Peristiwa ini menyebabkan bangkitnya kekuatan perlawanan terhadap suku Taira di seluruh Jepun.
Minamoto no Yoritomo yang sedang diasingkan di Izu ikut mengangkat senjata, tapi ditakluki dalam Pertempuran Ishibashiyama. Dari tempat pelarian di Awa, Yoritomo memimpin perjalanan panjang melewati Provinsi Kazusa dan Provinsi Shimousa. Di tengah perjalanan, Yoritomo mendapat dukungan dari suku Taira Bandō yang merupakan percabangan suku Taira di wilayah Kanto. Setelah menjadi kekuatan yang patut diperhitungkan, Yoritomo mendirikan markas di Kamakura yang dulunya pernah menjadi pusat kekuatan para pendahulu suku Minamoto. Lembaga pemerintahan seperti Samurai Dokoro didirikan untuk mempersatukan berbagai kelompok samurai di wilayah Kanto, sedangkan Yoritomo mendapat sebutan Kamakura-dono (Yang Dipertuan Kamakura). Setelah memenangkan Pertempuran Fujigawa dan mendapat dukungan kelompok samurai wilayah Kanto, Yoritomo memulai pemerintahan di wilayah Kanto.
Setelah suku Taira diusir dari Kyoto oleh Minamoto no Yoshinaka pada bulan Juli 1183, Yoshinaka dan pengikutnya mendukung puteraHokuriku untuk naik tahta sebagai maharaja. Sementara itu, pasukan Yoshinaka bertindak kejam terhadap warga kota Kyoto. Perkembangan situasi membuat mantan maharaja Go-Shirakawa mengundang Yoritomo untuk menguasai Kyoto. Sebagai jawaban, Yoritomo menuntut agar kepemilikan tanah sistem manorialisme di wilayah Tōkaidō, Tōsandō, dan Hokurikudō dikembalikan ke sistem lama yang disebut Kokushi. Sebagai penghormatan terhadap Yoshinaka, permintaan tersebut sedikit dilonggarkan dengan tidak memasukkan wilayah Hokurikudō yang dimiliki Yoshinaka. Permintaan tersebut disetujui dan secara de facto, Yoritomo menjadi penguasa wilayah sebelah timur Jepun.
Pada tahun 1184, Yoritomo mendirikan lembaga pemerintahan, seperti pejabat administrasi bernama Kumonjo (kemudian berganti nama menjadi Mondokoro), dan pejabat peradilan yang disebut Monchūjo. Sementara itu, Yoritomo mengutus adik-adiknya, Minamoto no Noriyori dan Minamoto no Yoshitsune untuk menghancurkan sisa-sisa suku Taira. Dalam Pertempuran Dan no Ura, suku Taira dihancurkan dan sekaligus mengakhiri perang saudara yang berlangsung selama 6 tahun.
Masih di tahun yang sama (1184), Yoritomo menerima mandat dari mantan maharaja Go-Shirakawa untuk menyingkirkan Yoshitsune dan Minamoto no Yukiie dengan alasan telah melanggar aturan pemerintah Yoritomo. Dalam usaha menangkap Yoshitsune dan Yukiie, Yoritomo diberi mandat untuk memberhentikan serta mengangkat Jitō dan Shugo yang bertugas memungut pajak berupa beras untuk perbekalan militer dan sebagai pejabat di pejabat pemerintah lokal. Berdasarkan mandat tersebut, Yoritomo berkuasa atas kekuatan militer serta kepolisian di seluruh negeri, dan sekaligus menandai berdirinya pemerintahan Keshogunan Kamakura yang menguasai seluruh Jepun. Walaupun demikian, pemerintah Yoritomo baru menguasai seluruh wilayah Jepun bagian timur setelah menghancurkan suku Ōshū Fujiwara dalam Pertempuran Ōshū1189.
Pada tahun 1190, Yoritomo ditunjuk sebagai panglima tertinggi kekuatan militer (Ukone no Daishō) dan berbagai jabatan tinggi lainnya dalam pemerintahan, namun segera mengundurkan diri. Ambisi Yoritomo adalah diangkat menjadi Seii Taishōgun dan terlaksana setelah penentangnya, mantan maharaja Go-Shirakawa wafat pada tahun 1192. Pengangkatan Yoritomo sebagai shogun juga sering digunakan untuk menandai berdirinya Keshogunan Kamakura.
Puncak kejayaan
Setelah Yoritomo meninggal secara mendadak di bulan Februari 1199, jabatan shogun diteruskan oleh putra pewarisnya yang bernama Minamoto no Yoriie. Sewaktu diangkat sebagai shogun, Yoriie masih berusia 18 tahun dan pihak keshogunan menganggapnya belum mampu mengendalikan pemerintahan. Sebagai wakil Yoriie, pemerintah dijalankan Dewan 13 Gokenin yang sebagian besar anggotanya berasal dari suku Hōjō yang merupakan kerabat Yoriie dari pihak ibu (Hōjō Masako). Pasangan bapak-anak Hōjō Tokimasa dan Hōjō Yoshitoki satu per satu menyingkirkan Gokenin yang berpengaruh, termasuk Kajiwara Kagetoki pada tahun 1200, dan Hiki Yoshikazu beserta anggota keluarganya pada tahun 1203.
Pada tahun 1203, Yoriie sakit keras dan kakek dari pihak ibu, Tokimasa mengirimnya ke Provinsi Izu dan dikenakan tahanan rumah. Setelah mengangkat adik Yoriie, Minamoto no Sanetomo sebagai shogun berikutnya dan penguasa Kamakura, Tokimasa membunuh Yoriie pada tahun 1204. Selanjutnya, Tokimasa diangkat sebagai pejabat Shikken yang bertugas sebagai pendamping shogun, dan pada praktiknya sebagai pemegang kendali kekuasaan. Di tahun berikutnya (1205), Tokimasa berusaha menjadikan menantunya, Hiraga Tomomasa sebagai shogun, sehingga musuh Tomomasa yang bernama Hatakeyama Shigetada dibunuh. Selanjutnya, Tokimasa berusaha menyingkirkan Sanetomo, namun tindakan ini ditentang oleh putra-putrinya sendiri, Hōjō Yoshitoki dan Hōjō Masako (ibu Sanetomo). Dengan dukungan Gokenin yang berpengaruh, Tokimasa dipaksa untuk mengundurkan diri dari dunia politik, sedangkan Hiraga Tomomasa dibunuh.
Hōjō Yoshitoki diangkat sebagai pejabat shikken berikutnya. Di masa jabatannya, kekuasaan suku Hōjō menjadi semakin kokoh, namun mendapat musuh baru, yakni Wada Yoshimori (kepala Samurai Dokoro) dan pengikutnya. Sesuai dengan rencana Yoshitoki, Wada Yoshimori beserta keluarganya dihabisi dalam Pertempuran Wada tahun 1213. Setelah itu, pemerintah Keshogunan Kamakura terus dirongrong pemberontakan, dan berpuncak pada terbunuhnya shogun ke-3 Minamoto no Sanetomo. Garis keturunan utama Minamoto no Yoritomo terputus dengan tewasnya Sanetomo. Pihak Keshogunan Kamakura meminta bantuan maharaja untuk menunjuk salah seorang puterasebagai shogun. Permintaan tersebut ditolak mantan maharaja Go-Toba, sehingga kerabat jauh Yoritomo dari keluarga Sekkan (aristokrat) yang masih kanak-kanak, Fujiwara no Yoritsune diangkat sebagai shogun baru. Yoritsune dan dua generasi shogun berikutnya disebut Sekke Shogun (shogun dari kalangan aristokrat), sedangkan pada praktiknya, pemerintahan tetap berada di tangan suku Hōjō.
Keshogunan Kamakura dianggap mantan maharaja Go-Toba sebagai penghalang dalam menjalankan kekuasaan politiknya. Kekacauan di Kamakura yang mengikuti tewasnya shogun Sanetomo dianggap sebagai tanda keshogunan mulai melemah, dan merupakan kesempatan bagi Mantan maharaja Go-Toba untuk menggulingkan Keshogunan Kamakura. Pada tahun 1221, mantan maharaja Go-Toba mengeluarkan perintah untuk menyingkirkan Hōjō Yoshitoki. Di luar perkiraan mantan maharaja Go-Toba, Keshogunan Kamakura memiliki basis pendukung yang kuat dari kalangan Gokenin. Dalam perang yang berlangsung sekitar singkat, Keshogunan Kamakura berhasil menghancurkan pasukan kemaharajaan dalam waktu dua bulan.
Seusai perang, Keshogunan Kamakura memutuskan hukuman pengasingan bagi mantan maharaja Go-Toba dan seluruh anggota keluarga, membantu maharaja Chūkyō naik tahta, dan menjatuhkan hukuman mati bagi samurai dan bangsawan dari pihak istana yang mendukung mantan maharaja Go-Toba. Rakyat terkejut dengan keputusan keshogunan untuk mengasingkan mantan maharaja, maharaja, dan sejumlah pejabat menteri. Pandangan rakyat berubah akibat keputusan yang diambil keshogunan, dan tidak lagi memandang maharaja berkedudukan lebih tinggi dari kalangan samurai. Selanjutnya, Keshogunan Kamakura mendirikan pejabat Rokuhara Tandai di Kyoto untuk mengawasi gerak-gerik pihak istana kemaharajaan.
Pemerintahan Shikken
Keshogunan Kamakura secara berturut-turut ditinggalkan para pendirinya. Hōjō Yoshitoki wafat tahun 1224, diikuti Hōjō Masako serta Ōe Hiromoto yang wafat tahun 1225. Jabatan shikken selanjutnya dijabat putra Yoshitoki yang bernama Hōjō Yasutoki. Agar pergantian kekuasaan shikken bebas kekacauan, Yasutoki menciptakan jabatan Rensho yang bertugas sebagai pendamping shikken. Kakek Yasutoki yang bernama Hōjō Tokifusa diangkat sebagai pejabat Rensho yang pertama. Selain itu, Yasutoki meletakkan dasar-dasar kepemimpinan kolektif dengan membentuk lembaga Hyōjōshū yang bertugas memberi pertimbangan atas keputusan politik pemerintah.
Kasus peradilan agraria yang semakin bertambah seusai Perang Jōkyū membuat Yasutoki merasa perlu menetapkan prosedur peradilan yang jelas. Prosedur peradilan ditetapkan Yasutoki menurut kitab hukum Goseibai Shikimoku yang mudah dimengerti dan diterapkan. Keshogunan Muromachi juga terus menggunakan kitab Goseibai Shikimoku sebagai dasar hukum. Berkat bakat kepemimpinan dan berbagai kebijakan politiknya, Yasutoki berhasil meletakkan dasar-dasar pemerintahan oleh pejabat shikken.
Yasutoki mewariskan jabatan shikken kepada cucunya, Hōjō Tokiyori yang sangat menaruh perhatian pada bidang hukum. Pada tahun 1249, Tokiyori mendirikan lembaga pengadilan tinggi yang disebut Hikitsuke untuk menciptakan proses peradilan yang lebih adil. Faksi yang dipimpin shogun sebelumnya, Minamoto no Yoritsune bersama Nagoshi no Mitsutoki diusir kerana berencana menyingkirkan Tokiyori pada tahun 1246. Pejabat Gokenin yang berpengaruh, Miura Yasumura beserta keluarganya juga dibunuh pada tahun 1247. Shogun Fujiwara Yoritsugu disingkirkan pada tahun 1252 kerana berkomplot melawan pemerintah keshogunan, dan sebagai penggantinya puteraMunetaka diangkat sebagai shogun baru.
puteraMunetaka merupakan shogun pertama dari kalangan putera(Miyashōgun) yang tidak turut serta dalam pemerintahan. Keberadaan shogun puteramembuat suku Hōjō semakin berkuasa, dan kendali pemerintahan berpusat pada garis keturunan utama suku Hōjō. Setelah Tokiyori jatuh sakit, jabatan shikken diwariskan kepada Hōjō Nagatoki yang berasal dari percabangan suku Hōjō, tapi kendali pemerintahan tetap tidak terlepas dari suku Hōjō. Pada waktu itu, istilah Tokuso digunakan untuk menyebut garis keturunan utama suku Hōjō yang memimpin pemerintahan tirani selama 9 generasi.
