Ephydroidea рассматривается сестринской группой к Sphaeroceroidea. Положение семейств Mormotomyiidae и Nannodastiidae остается неясным, иногда их сближают с Sphaeroceroidea. Схема филогенетических взаимоотношений семейств внутри Ephydroidea по мнению разных авторов показана ниже на схеме[1][4]:
↑ 123McAlpine J. F.Phylogeny and classification of the Muscomorpha / J. F. McAlpine, M. Wood (eds.). — Manual of Neartic Diptera. Vol.3. — Ottawa, Hull: Canadian Government Publishing Centre, 1989. — P. 1397—1518. — 1333—1581 p. — (Research Branch Agriculture Canada Monograph No. 32). — ISBN 0-660-12961-2.
↑Grimaldi D., Singh H. The extinct genus Pareuthychaeta in Eocene ambers (Diptera: Schizophora: Ephydroidea) (англ.) // Canadian Entomologist. — 2012. — Vol. 144, no. 1. — P. 17—28. — doi:10.4039/tce.2012.5.
Griffiths G. C. D. The phylogenetic classification of Diptera Cyclorrhapha, with special reference to the structure of the male postabdomen (англ.) // Ser. Entomol.. — 1972. — Vol. 8. — P. 1—340.
Yeates D. K. Relationships of the extant lower Brachycera (Diptera): a quantitative synthesis of morphological characters (англ.) // Zool. Scripta. — 2002. — Vol. 31. — P. 105—121.